미세조류 군집의 연구는 수생 생태계를 이해하는 데 핵심적이다. 이러한 군집은 주로 규조류( Heterokontophyta )로 구성되며, 이를 연구하기 위해 흔히 사용되는 두 가지 방법은 현미경 분석과 메타바코딩이다. 그러나 이 두 방법은 종종 서로 다른 결과를 제공하므로, 규조류 군집을 분석하는 데 있어 이들의 적합성은 자주 논의되고 평가되어 왔다. 본 연구는 동일한 수질 시료에서 이 두 방법을 적용하여 규조류 군집을 분석하고 그 결과를 비교하였다. 규조류 군집을 구성하는 종의 분류학적 동정은 확인되었으며, 두 방법 모두 Bacillariales 및 Naviculales 목( Bacillariophyceae )에 속하는 종들이 가장 다양함을 보여주었다. 더 낮은 분류 수준(과, 속, 종)에서는 현미경이 Bacillariaceae 및 Naviculaceae 계통에 속하는 규조류 종(Nitzschia frustulum, Nitzschia inconspicua, Nitzschia intermedia, Navicula gregaria, Navicula perminuta, Navicula recens, Navicula sp.)을 검출하는 데 편향을 보이는 경향이 있었다. 두 방법의 결과는 군집 내 규조류 종을 동정하고 그 구조적 특성을 분석하는 데 있어 서로 달랐다. 이러한 결과는 Nitzschia 및 Navicula 속에 속하는 규조류가 군집에서 풍부하다는 사실과 일치하며, 또한 Illumina MiSeq 데이터에서만 Melosira 및 Entomoneis 속의 풍부도가 나타났다. 현미경을 통해 얻은 결과는 종 수준 동정에 관해 Illumina MiSeq의 결과보다 우수하였다. 현미경과 Illumina MiSeq을 통해 얻은 결과에 근거하여, 어느 방법도 완벽하지 않으며 각 방법에는 명확한 강점과 약점이 있음을 확인하였다. 따라서 규조류 군집을 효과적이고 정확하게 분석하기 위해서는 이 두 방법을 함께 사용해야 한다.

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