기본 정보
연구 분야
프로젝트
논문
구성원
article|
인용수 0
·2025
XPRS: a tool for interpretable and explainable polygenic risk score
Naryeong Kim, Seunggeun Lee
IF 5.4Bioinformatics
초록

요약: 다유전자 위험 점수(polygenic risk score, PRS)는 질병에 대한 유전적 소인(genetic susceptibility)을 평가하는 데 중요한 방법이지만, 해석 가능성(interpretability) 도구의 부재로 인해 임상적 유용성이 제한된다. 이러한 문제를 해결하기 위해, 우리는 eXplainable PRS(XPRS)를 제시한다. XPRS는 Shapley additive explanations(SHAPs)을 통해 PRS를 유전자/영역 및 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP) 기여도 점수로 분해하는 해석 및 시각화 도구로, 특정 개인의 PRS에 유의하게 기여하는 유전자와 SNP에 대한 통찰을 제공한다. 이 소프트웨어는 중요한 유전자와 SNP를 부각하기 위해 마나티 플롯(Manhattan plots), LocusZoom와 유사한 플롯, 그리고 집단 및 개인 수준의 표를 포함하는 다단계 시각화 접근을 제공한다. 사용이 편리한 웹 인터페이스로 구현함으로써 XPRS는 손쉬운 데이터 입력과 해석을 가능하게 한다. 복잡한 유전 데이터와 실행 가능한 임상적 통찰 사이의 격차를 연결함으로써, XPRS는 임상의와 환자 간의 의사소통을 향상시킬 수 있다. 이용 가능성 및 구현: XPRS 소프트웨어는 GitHub에서 공개되어 있으며 https://github.com/nayeonkim93/XPRS 에서 확인할 수 있고, 클라우드 기반 웹 서비스 https://xprs.leelabsg.org/ 를 통해 데모를 볼 수 있다.

*본 초록은 AI를 통해 원문을 번역한 내용입니다. 정확한 내용은 하기 원문에서 확인해주세요.

키워드
InterpretabilityComputer scienceVisualizationSoftwareSNPData miningWeb applicationPopulationSingle-nucleotide polymorphismMachine learning
타입
article
IF / 인용수
5.4 / 0
게재 연도
2025

주식회사 디써클

대표 장재우,이윤구서울특별시 강남구 역삼로 169, 명우빌딩 2층 (TIPS타운 S2)대표 전화 0507-1312-6417이메일 info@rndcircle.io사업자등록번호 458-87-03380호스팅제공자 구글 클라우드 플랫폼(GCP)

© 2026 RnDcircle. All Rights Reserved.