미생물 공존(co-occurrence) 네트워크 분석은 식물 미생물군집 연구에서 자료 탐색을 위해 널리 사용되고 있다. 그러나 이러한 미생물 네트워크가 자연 미생물군집을 얼마나 잘 대표하는지, 그리고 네트워크로부터 생태-진화적 통찰을 얼마나 잘 해석하고 추출할 수 있는지에 대해서는 여전히 과제가 남아 있다. 많은 기술적 해결책이 제안되어 왔음에도 불구하고, 본 관점에서는 네트워크 표현 및 해석에서의 ‘왕국(kingdom) 수준 편향’이라는 중대한 문제에 주목한다. 자연 군집을 더 잘 대표하도록 하기 위해, 교차-왕국(세균-진균) 공존 네트워크를 사용하는 것의 생태-진화적 중요성을 강조한다. 이를 위해, 다중 왕국 분석을 수행하는 경우와 수행하지 않는 경우에 따라 식물 미생물군집 진화에 대한 생태계 수준의 해석이 어떻게 달라지는지를 시연한다. 또한 세균과 진균 사이의 전형적 이분법에서 비롯되는 네트워크의 지나치게 단순화된 해석을 극복하기 위해, 생태학적 해석을 위한 세 가지 접근을 권고한다. (1) 일반화된 로트카-볼테라(Lotka-Volterra) 및 포식자-자원(consumer-resource) 모델을 통해 공존 네트워크의 역학과 기제를 이해하는 것, (2) 개별 음성 및 양성 세균-진균 엣지에 대해 대안적인 생태학적 설명을 찾는 것, (3) 교차-왕국 네트워크를 비생물적(abiotic) 및 생물적(생체, host) 환경과 연결하는 것.

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