이를 위하여 앰플리콘 기반 미생물 군집 프로파일링 및 메타유전체 분석 등의 비배양학적 방법을 이용한 식물 근권?엽권?내권 세균 및 곰팡이 군집 분석과 배양학적 방법을 이용한 세균과 곰팡이 실물자원의 확보 및 이들에 대한 기본 특성 구명을 진행할 것이다. 비배양학적 정보와 배양학적 정보를 통합함으로써 확보된 실물자원이 어떠한 미생물 군집에서 분리되어 자원화 되었고, 다른 미생물들과는 어떠한 상호작용을 하는지에 대한 정보를 제공할 것이다. 또한, 생리학적 및 생화학적, 유전체학적 특성을 포함하는 미생물자원의 기본 특성 구명하고 데이터베이스화하여 정보로 제공할 것이다. 특히, 농산업분야에 대한 자원 활용 가능성을 높이기 위해 작물생산성과 관련된 측면에서 식물생장촉진능과 식물병원균에 대한 길항작용과 같이 친환경 미생물 제제 개발에 필수적인 정보를 제공해주어 효율적이며 원활한 산업적 활용이 가능하도록 인프라를 구축할 것이다. 이와 더불어 식물 마이크로바이옴 연구 활성화를 위한 연구지원 및 워크샵을 통한 교육시스템을 구축할 것이다.