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이선우 연구실
동아대학교 응용생명과학과 이선우 교수
Rhizosphere microbiome
Plant–bacteria interaction
Bacterial wilt
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이선우 연구실

동아대학교 응용생명과학과 이선우 교수

이선우 연구실은 토마토 근권 및 작물 연관 미생물의 구성과 기능을 규명하고, 식물 건강 증진 및 세균성 시들음 저감에 기여하는 핵심 요인을 찾는 연구를 수행합니다. 근권 마이크로바이옴 기반 상호작용을 분석하기 위해 메타게놈 및 통합 오믹스 관점을 적용하며, helper–beneficiary 공생처럼 에너지·대사물 의존성을 유전체 비교와 돌연변이 분석으로 해석합니다. 또한 파지 처리를 통한 병원균 제어와 토착 군집 변화의 관계를 평가하고, Ralstonia의 EPS·biofilm 및 sigma S 연계 병원성 조절 기작을 유전학적으로 검증하여 작물 보호 전략의 표적 근거를 확보합니다.

Rhizosphere microbiomePlant–bacteria interactionBacterial wiltPhage therapyExopolysaccharide(EPS)
대표 연구 분야
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토마토 근권 마이크로바이옴과 식물-세균 기능성 상호작용 기반의 건강 증진 연구 thumbnail
토마토 근권 마이크로바이옴과 식물-세균 기능성 상호작용 기반의 건강 증진 연구
Tomato rhizosphere microbiome and plant–bacteria functional interaction for plant health improvement
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용균성 파지 기반 토마토 풋마름병(세균성 시들음) 제어와 근권 미생물 군집 변화 연구 thumbnail
용균성 파지 기반 토마토 풋마름병(세균성 시들음) 제어와 근권 미생물 군집 변화 연구
Lytic phage-based control of bacterial wilt and rhizosphere microbiota modulation in tomato
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Ralstonia pseudosolanacearum의 EPS·바이오필름 및 스트레스 반응 유전자 조절을 통한 병원성 기작 규명 연구 thumbnail
Ralstonia pseudosolanacearum의 EPS·바이오필름 및 스트레스 반응 유전자 조절을 통한 병원성 기작 규명 연구
Dissecting pathogenic mechanisms of Ralstonia pseudosolanacearum via EPS/biofilm and stress-response
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연구 성과 추이
표시된 성과는 수집된 데이터 기준으로 산출되며, 일부 차이가 있을 수 있습니다.
주요 논문
5
논문 전체보기
1
Article
|
인용수 0
·
2025
Novel Verrucomicrobiota strains associated with plant root tissue enhance plant growth and suppress bacterial wilt in tomato
Minseo Choi, Manigundan Kaari, Hyoung Ju Lee, Seon‐Woo Lee
IF 5.8 (2025)
Frontiers in Microbiology
서론: 다양한 탄소원과 스트렙토마이신이 농축된 배지에서 배양한 토마토 근권 토양 유래 균주를 대상으로, 미생물군집 분석과 병행하였다. 방법: 균주. 뿌리털 발달 연구를 통해 safranin-O 염색 분석을 사용하여 토마토 뿌리털 형성을 관찰하였다. 결과: 식물 생장 촉진(PGP) 분석에서 균주 V2는 균주 V1보다 더 높은 식물 생체중을 보였다. 질병 중증도 평가는 V1이 V2보다 BW 억제에 더 효과적임을 나타냈다. 결론: 탄소 및 항생제 농축 배지를 이용하여 토마토 근권에서 얻은 균주.
https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1712154
Rhizosphere
Bacterial wilt
Plant growth
Bacteria
Rhizobacteria
Plant tissue
Carbon source
Soil bacteria
2
Article
|
인용수 7
·
2024
Rhizobacterial syntrophy between a helper and a beneficiary promotes tomato plant health
Sang‐Moo Lee, Roniya Thapa Magar, Min Kyeong Jung, Hyun Gi Kong, Ju Yeon Song, Joo Hwan Kwon, Minseo Choi, Hyoung Ju Lee, Seung Yeup Lee, Raees Khan, Jihyun F. Kim, Seon‐Woo Lee
IF 10 (2024)
The ISME Journal
미생물 간 상호작용은 미생물 군집의 기능에 영향을 미친다. 그러나 숙주와 연관된 군집 내에서의 미생물 상호작용은 아직 충분히 이해되지 못했다. 본 연구에서 우리는 수혜성(beneficiary) 근권(根圈) 근권세균인 Niallia sp. RD1이 세균의 성장과 식물 숙주와의 유익한 상호작용을 위해 보조자(helper)인 Pseudomonas putida H3를 필요로 한다는 점을 보고한다. 보조자 H3 균주가 없는 경우, Niallia sp. RD1 균주는 약한 호흡과 신장된 세포 형태를 보였으나 세균 콜로니를 형성하지 못했다. 호흡-아마이드 관련 유전자(숙시네이트-반(半)알데하이드 탈수소효소; succinate-semialdehyde dehydrogenase)를 암호화하는 유전자를 표적한 H3의 트랜스포존(transposon) 돌연변이체는 RD1의 콜로니 형성에 대한 지지가 크게 약화된 것으로 나타났다. 이후 배지에 숙시네이트를 추가한 결과, 숙시네이트는 RD1의 성장을 지지하는 ‘공공재(public good)’로 작용함을 확인하였다. 비교 유전체 분석은 RD1이 충분한 숙시네이트를 생성하기 위한 유전자를 결여하고 있음을 보여주었으며, 이는 RD1이 숙시네이트 생합성의 수혜자(beneficiary)로서 진화했음을 시사한다. RD1과 H3 사이의 공생영양(syntrophic) 상호작용은 토마토를 세균성 시들음병(bacterial wilt)으로부터 효율적으로 보호하고 토마토의 성장을 촉진하였다. 배지에 숙시네이트를 첨가하면 RD1에서 복합체 II(complex II)에 의존하는 호흡이 회복되었고, 근권에서 다양한 세균 분리주의 배양이 용이해졌다. 종합하면, 본 연구는 미생물 군집 전반에 흔하게 존재하는 에너지 영양요구성(energy auxotrophic) 수혜자들을 구체화하였으며, 이러한 수혜자들은 근권에서 보조자의 도움을 받아 숙주 식물에 유익을 줄 수 있음을 보여준다.
https://doi.org/10.1093/ismejo/wrae120
Biology
Beneficiary
Biotechnology
Law
Political science
3
Article
|
인용수 3
·
2024
Phage-Dependent Alteration of Rhizosphere Microbiota in Tomato Plants
Seung Yeup Lee, Roniya Thapa Magar, Kihyuck Choi, Hyo Jeong Kim, Insoo Park, Seon‐Woo Lee
IF 2.6 (2024)
Phytobiomes Journal
식물병원성 세균을 감염시키는 박테리오파지(파지)는 인간, 동물, 식물에서의 세균성 질환을 제어하기 위한 대안적 수단이다. 그러나 표적 파지 치료가 자생 미생물 군집에 미치는 영향은 충분히 이해되지 않았다. 본 연구에서는 식물 병원성 세균을 감염하는 파지가 식물 뿌리권(rhizosphere) 미생물 군집을 조절하는 역할을 한다는 가설을 세웠다. 이를 탐색하기 위해 숙주 세균으로 토마토 뿌리권에서 토양전반성 식물세균 병원체 Ralstonia pseudosolanacearum을 사용하고, 그 파지를 모델 시스템으로 활용하였다. 파지가 미생물군집에 미치는 영향을 평가하기 위해 협소 숙주 범위(phage)인 RpY1과 두 가지 파지(RpY2 및 RpT1)의 조합(이를 ‘phage combo’로 명명)으로서, 토마토 식물의 자연 뿌리권 미생물군집 하에서 광범위 숙주 범위를 갖는 파지 조합을 사용하였다. RpY1과 phage combo 모두 토마토 뿌리권 미생물군집을 변화시켰다. phage combo는 주로 R. pseudosolanacearum의 존재 하에서 파지 효과를 보였다. 그러나 RpY1은 숙주 세균이 없는 경우에도 뿌리권 미생물군집에 영향을 미쳤다. 미생물군집에 대한 파지 RpY1의 효과는 자연 토마토 뿌리권 미생물군집을 모사하는 합성 군집(SynCom)을 이용하여 토마토 뿌리권에서 추가로 조사하였다. 파지 RpY1은 숙주 세균이 없는 상황에서 토마토 뿌리권 내 SynCom의 미생물 군집 구조를 변화시켰다. 토마토 뿌리권의 자연 미생물군집과 SynCom 분석 결과, 파지 RpY1의 미생물군집에 대한 효과는 간접적임이 시사되었다. 본 연구는 파지 적용이 식물 뿌리권에서 비숙주(nonhost) 세균 구성원과의 알려지지 않은 상호작용을 통해 자생 미생물군집을 조절함을 제안한다. [Formula: see text] 저작권 © 2024 The Author(s). 본 논문은 CC BY-NC-ND 4.0 International 라이선스에 따라 배포되는 오픈 액세스 자료이다.
https://doi.org/10.1094/pbiomes-07-23-0061-r
Rhizosphere
Biology
Botany
Microbiology
Bacteria
Genetics
최신 정부 과제
15
과제 전체보기
1
2020년 6월-2029년 5월
|5,596,284,000원
농업생명과학연구소
본 연구는 '정밀농업 구현을 위한 마이크로바이옴 맞춤형 작물생산 기반 구축'을 최종 연구목표로 한다. 세부목표는 가지과 작물을 모델로 다음과 같다.(1) 작물의 마이크로바이옴 최적화와 작물 기능별 맞춤형 마이크로바이옴으로 작물 생산성 증진 (2) 마이크로바이옴의 작물 세대전이 분석과 조절(3) 마이크로바이옴을 이용한 작물의 식량과 식품으로의 가치향상본 연구...
마이크로바이옴
작물 상호작용
세대전이
가지과 작물
인공지능
인공군집
작물 기능조절
통합 오믹스
2
2020년 3월-2025년 2월
|1,470,000,000원
인공군집을 이용한 뿌리 마이크로바이옴 형성과 토마토 양적형질 병 저항성 조절 핵심미생물 구명
본 연구 제안은 토마토 병 저항성 양적형질을 조절하는 토마토 뿌리 마이크로바이옴과 인공군집의 기능을 분석하며 병 저항성을 조절하는 마이크로바이옴의 기능을 모방하는 인공군집을 조성하여 토마토 뿌리 마이크로바이옴의 핵심미생물을 동정하고 저항성 조절 군집형성(community assembly) 기작의 이해를 최종연구목표로 함. [연차별 세부 목표]● 1차년도: ...
토마토 풋마름병
양적형질
병 저항성
마이크로바이옴
인공군집
핵심미생물
3
주관|
2018년 1월-2020년 12월
|270,000,000원
친환경 미생물의 토마토 내생과 미생물 상호작용 메타게놈 분석
본 과제는 친환경 미생물 Flavobacterium 속 TCH32 균주를 토마토 재배 토양에 적용해, 식물 뿌리 주변(토마토 근권) 미생물들이 어떻게 달라지는지 분석하는 연구임. 연구목표는 TCH32가 처리된 토마토 내권에서 미생물 군집 변이를 확인하고, TCH32와 작물 주변 미생물 집단의 상호작용 및 협동군집에서 미생물 군집 변화를 메타게놈 분석으로 규명하는 데 있음. 유전체 확보 후 16S rRNA 유전자 분석으로 토양과 토마토 근권에서 인공군집 미생물 밀도변이를 추적함. 기대효과는 TCH32 포함 인공군집 처리 이후 메타게놈 기반 군집 변화와 미생물 밀도변화를 시간대별로 추적·분석하는 데 있음.
친환경
미생물 상호작용
인공군집
다중오믹스
토마토
최신 특허
특허 전체보기
상태출원연도과제명출원번호상세정보
등록2020플라보박테리움 속 TCH3-2 균주를 유효성분으로 함유하는 식물의 환경 스트레스 내성 증진용 미생물 제제 및 이의 용도1020200034003
등록2020플라보박테리움 속 TCH3-2 균주를 유효성분으로 함유하는 식물병 방제용 조성물 및 이의 용도1020200031176
등록2019식물의 인산 흡수 효율을 증진시키는 버크홀데리아 파이로시니아 CH-67 유래 PAP9 유전자 및 이의 용도1020190139780
전체 특허

플라보박테리움 속 TCH3-2 균주를 유효성분으로 함유하는 식물의 환경 스트레스 내성 증진용 미생물 제제 및 이의 용도

상태
등록
출원연도
2020
출원번호
1020200034003

플라보박테리움 속 TCH3-2 균주를 유효성분으로 함유하는 식물병 방제용 조성물 및 이의 용도

상태
등록
출원연도
2020
출원번호
1020200031176

식물의 인산 흡수 효율을 증진시키는 버크홀데리아 파이로시니아 CH-67 유래 PAP9 유전자 및 이의 용도

상태
등록
출원연도
2019
출원번호
1020190139780