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조용준 연구실
강원대학교 분자생명과학과 조용준 교수
Malassezia
Ulcerative colitis
mycobiota
연구 영역
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논문·특허
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조용준 연구실

강원대학교 분자생명과학과 조용준 교수

조용준 연구실은 Malassezia 및 미생물 전사체를 중심으로 숙주-미생물 상호작용을 분석하는 연구를 수행합니다. 궤양성 대장염 환자 장 점막에서 분리한 Malassezia의 병원성 잠재력과 환경 적응 요인을 비교하고, 분자 역전 탐침 기반 미생물 전사체 분석 및 발현 패턴 해석을 통해 기전을 규명합니다. 또한 피부 부위 분포를 포함한 Malassezia 유전체 정보를 확보하여 생태학적 해석의 기준을 마련합니다. 아울러 환자 유래 상피 구성을 반영하는 장기칩 플랫폼과 RNA-seq 시각화 도구를 활용해 감염 및 오믹스 데이터를 통합적으로 분석합니다.

MalasseziaUlcerative colitismycobiotatranscriptome analysisLung-on-a-Chip
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장 점막 유래 Malassezia와 궤양성 대장염 병원성 및 환경 적응 연구 thumbnail
장 점막 유래 Malassezia와 궤양성 대장염 병원성 및 환경 적응 연구
Gut-derived Malassezia and pathogenicity in ulcerative colitis via niche-specific adaptation
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연구 성과 추이
표시된 성과는 수집된 데이터 기준으로 산출되며, 일부 차이가 있을 수 있습니다.
주요 논문
5
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1
Article
|
인용수 2
·
2025
SimpleViz: A user-friendly, web-based tool for publication-ready data visualization in bioinformatics
B. Oh, Juhee Kim, Minjung Kwon, Jiwon Bang, Kwang Jun Lee, Eun-Jin Lee, Yong‐Joon Cho
IF 6.5 (2025)
Molecules and Cells
대규모 데이터셋은 생물정보학 연구의 핵심이며, 복잡한 데이터를 접근 가능한 그래픽으로 변환하는 직관적인 시각화 도구에 대한 수요를 창출한다. 기존의 시각화 소프트웨어는 종종 높은 비용이 들거나 코딩 역량을 요구하여, 많은 연구자들의 접근성을 제한하는 문제가 있다. 이러한 공백을 해소하기 위해 본 연구에서는 프로그래밍 기술이 필요 없이 프로급 수준의 그림을 생성할 수 있는 무료 웹 기반 플랫폼인 SimpleViz를 소개한다. SimpleViz는 RNA-seq 데이터의 유전자 수준 분석과 박스/바이올린/닷 플롯, 볼케이노 플롯, 주성분 분석(Principal Component Analysis) 플롯, 히트맵과 같은 핵심 시각화 유형을 제공하며, 상세 조정을 위한 광범위한 커스터마이징 옵션과 내장 통계 비교 기능을 갖추고 있다. Shiny 인터페이스 위에서 개발된 SimpleViz는 데이터 업로드, 시각화 생성 및 커스터마이징 과정을 단순화하여, 사용자가 출판에 적합하도록 맞춤형 시각화를 제작할 수 있도록 한다. 사용자 피드백에 기반한 지속적 개선 계획을 통해, SimpleViz는 생의학 연구에서 변화하는 데이터 분석 요구를 충족하는 적응 가능하고 접근성 높은 해법을 제공한다.
https://doi.org/10.1016/j.mocell.2025.100222
World Wide Web
Computer science
User Friendly
Visualization
Web application
Bioinformatics
Data science
Data mining
Biology
Operating system
2
Article
|
인용수 3
·
2025
Live Malassezia strains from the mucosa of patients with ulcerative colitis: pathogenic potential and environmental adaptations
Yong‐Joon Cho, Seung Yong Shin, Juan Yang, Hyo Keun Kim, Piyapat Rintarhat, Minji Park, Muhyeon Sung, Kate Lagree, David M. Underhill, Dong‐Woo Lee, Sohyeong Choi, Chang Hwan Choi, Chul‐Su Yang, Won Hee Jung
IF 4.7 (2025)
mBio
IBD의 병인에서 곰팡이 병독성에 있어 특수 미세환경(niche)별 적응의 중요성을 강조한다. 중요성: 장내에서, 그리고 IBD와의 관련성.
https://doi.org/10.1128/mbio.01400-25
Ulcerative colitis
Microbiology
Malassezia
Pathogenic bacteria
Medicine
Biology
Bacteria
Pathology
Disease
Genetics
3
Article
|
·
인용수 0
·
2024
Lung-on-a-Chip Platforms for Nontuberculous Mycobacterial Pulmonary Disease: A Comparative Inspection of Patient-derived Epithelial Configurations
Hwa Jung Kim, Bum‐Soo Kim, Eun Young Eo, Saerom Park, Yusuhn Kang, Byoung Soo Kwon, Jae‐Ho Lee, Yong‐Joon Cho
http://dx.doi.org/10.1164/ajrccm-conference.2024.209.1_meetingabstracts.a5182
Nontuberculous mycobacteria
Pulmonary disease
Lung disease
Lung
Medicine
Computer science
Pathology
Mycobacterium
Internal medicine
Tuberculosis
최신 정부 과제
1
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1
주관|
2020년 5월-2023년 5월
|12,500,000
분자 역전 탐침을 이용한 미생물 전사체 분석 기술 개발 및 숙주-미생물 공생 기작 규명
본 과제는 분자 역전 탐침(Molecular Inversion Probe)으로 원핵생물 전사체를 읽는 MIPR-Seq 기술을 개발하고, 이를 인간 장내 공생 세균 Bacteroides thetaiotaomicron(Bt)의 생체 내 적응 기작 규명에 적용하는 연구임. 연구목표는 1) 표준 균주에서 MIP 설계·적용 조건 확립, 2) MIPR-Seq로 전체 유전자 전사 결과의 신뢰성 입증, 3) Bt mutant library를 mouse에 구강 투여 후 in vivo 적응 돌연변이를 선별하고 in vitro와 비교해 전사체 수준 기작을 규명하는 데 있음. 기대효과는 극미량 샘플에서도 전사체 변화를 쉽게 분석하고, 장내 적응·고착에 관여하는 유전인자와 기능성 균주 개발 근거를 제공하는 데 있음.
미생물 전사체
숙주-미생물
분자 역전 탐침
전사체 발현 분석
RNA-Seq
최신 특허
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상태출원연도과제명출원번호상세정보
공개2023항생제 내성 그람음성 병원균에 대해 항균 활성을 갖는 스트렙토마이세스 속 신균주 SSD8-12 및 이의 용도1020230189244
공개2023인간의 주조직적합성항원 펩타이드에 대한 인실리코 결합 분석을 이용한 혈액형 항원의 면역원성 예측방법1020230185534
전체 특허

항생제 내성 그람음성 병원균에 대해 항균 활성을 갖는 스트렙토마이세스 속 신균주 SSD8-12 및 이의 용도

상태
공개
출원연도
2023
출원번호
1020230189244

인간의 주조직적합성항원 펩타이드에 대한 인실리코 결합 분석을 이용한 혈액형 항원의 면역원성 예측방법

상태
공개
출원연도
2023
출원번호
1020230185534