Spatial heterogeneity analysis across primary and metastatic colorectal cancer and tumor microenvironment
연구 내용
원발 종양과 전이 병변의 유전체·전사체 불일치 및 종양-기질 경계의 공간적 발현 패턴을 분석하여 대장암 전이 기전과 예후 표지자를 도출하는 연구
대장암에서 원발 병변만으로는 설명되지 않는 치료 저항성과 전이 양상을 규명하기 위해 원발-전이 간 유전체 변이의 concordance/discordance를 평가합니다. 또한 NanoString GeoMx 또는 CosMx 기반 공간 분자영상 데이터를 이용해 종양 세포와 stroma를 분리하고, 차등 발현과 경로 풍부화로 미세환경 변화를 특성화합니다. 추가로 Seurat 클러스터링과 세포-세포 상호작용, ligand-receptor 분석을 통해 전이 미세환경에서의 신호 네트워크를 도출하는 차별성을 보유합니다.
관련 연구 성과
관련 논문
3편
관련 특허
0건
관련 프로젝트
1건
연구 흐름
초기 연구에서는 대장암 환자에서 원발과 전이 조직을 함께 확보하고 Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel 기반으로 유전체 변이의 불일치 패턴과 예후 연관성을 평가하는 데 집중했습니다. 이후에는 종양과 기질을 분할하는 ROI 개념을 적용하여 공간 전사체 발현 차이를 정량화하고, 면역 관련 신호와 세포 구성 변화를 비교하는 방향으로 확장했습니다. 최근에는 단일세포 수준의 공간 transcriptome과 세포-세포 상호작용 분석을 결합해 전이 특이 CAF 프로그램과 면역 세포의 상호작용 네트워크를 탐색하는 연구를 수행하고 있습니다.
활용 가능성
활용 가능성은 알앤디써클 특화 AI 에이전트가 생성한 내용으로, 실제 연구 가능 여부는 연구실과의 논의가 필요합니다.
관련 논문
구분
제목
Clinical Implication of Concordant or Discordant Genomic Profiling between Primary and Matched Metastatic Tissues in Patients with Colorectal Cancer
Abstract 1160: Investigating spatial gene expression profiling in colorectal cancer: Tumor and stroma comparison between primary lesions and matched liver metastases
Abstract 5289: Mechanisms of metastasis revealed through single-cell spatial transcriptome analysis in patients with liver metastatic colorectal cancer
관련 프로젝트
구분
제목
대장암에서의 원발암과 전이암에 따른 종양주변미세환경 유전자 발현 바이오마커 분석 및 이에 따른 항암치료 방법 연구