주요 논문
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2025Abstract 5289: Mechanisms of metastasis revealed through single-cell spatial transcriptome analysis in patients with liver metastatic colorectal cancer
Jong Won Lee, Yeseul Kim, Hyo Seon Ryu, Jongmin Sim, Chungyeul Kim, Hyun Woo Kwon, Hyun Je Kim, Jong Min Park, Ah-Reum Lim, Jung Sun Kim, Hwa Jung Sung, Xingyi Guo, Jung Min Choi, Jung Yoon Choi
IF 22.6 (2025)
Cancer Research
초록 배경: 결장직장암(CRC) 간 전이의 치료 효능은 종양 내뿐만 아니라 종양 간에도 상당한 종양 이질성에 의해 저해된다. 이러한 다양성은 다양한 세포 집단과 종양 미세환경에서의 복잡한 상호작용에서 비롯되며, 공간적 조직화 및 세포 간 소통 양상에 대한 더 깊은 이해가 요구된다. 방법: 우리는 11명의 환자에서 채취한 포르말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 조직 시료 23개를 조사하였고, 1차 병변과 이에 일치하는 간 전이 병변을 포함하였다(동시성 전이 6명, 이시성 전이 5명). NanoString 6K CosMx Spatial Molecular Imaging(SMI)을 사용하였다. 병리학자들이 종양 침윤 전면에서 최적의 시야를 선택하였다. 영상 처리, 세포 분할 및 특징 추출은 Cellpose 알고리즘을 이용한 자체 CosMx SMI 파이프라인으로 수행하였다. 품질 관리 후 남은 세포에 대해, Seurat R 패키지를 사용하여 비지도 클러스터링과 차등 유전자 발현 분석 및 세포 간 상호작용 분석을 수행하였다. 결과: 105,624개의 고품질 세포 분석 결과 23개의 서로 다른 클러스터를 확인하였으며, 상피성 종양 10개, 암 관련 섬유아세포(CAF) 3개, 내피세포 2개, 면역세포 5개(T cell, Monocyte, Macrophage, SPP1+ Macrophage, Plasma cell), 폐포세포, 간세포, 그리고 저 복잡도 세포 집단으로 분류되었다. 결장 CAF와 간 CAF 간에 유전자 발현의 유의한 차이를 확인하였고, 간 CAF에서는 상피-간엽 전이(EMT)와 관련된 92개 유전자의 발현이 상향 조절되어 있었다. 간 전이에서는 CAF, T 세포, 대식세포 간의 소통이 강화된 양상이 관찰되었으며, 특정 리간드-수용체 쌍(SPP1-ITGA4/ITGB1, LGALS9-P4HB, LGALS9-CD44, CXCL12-CXCR4)이 전이 미세환경에서 풍부하게 나타났다. 결론: 본 연구는 CRC 간 전이에서의 독특한 공간적 이질성과 세포 간 소통 네트워크를 보여준다. 간 특이적 CAF 유전자 발현 프로파일과 고유한 리간드-수용체 상호작용의 규명은 전이 기전 및 잠재적 치료 표적에 대한 새로운 통찰을 제공한다. 인용 형식: Jongwon Lee, Yeseul Kim, Hyo Seon Ryu, Jongmin Sim, Chungyeul Kim, Hyun Woo Kwon, Hyun Je Kim, Jong Min Park, Ah-Reum Lim, Jung Sun Kim, Hwa Jung Sung, Xingyi Guo, Jungmin Choi, Jungyoon Choi. 환자에서의 단일세포 공간 전사체 분석을 통해 밝혀진 전이의 기전 [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2025; Part 1 (Regular Abstracts); 2025 Apr 25-30; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2025;85(8_Suppl_1):Abstract nr 5289.
https://doi.org/10.1158/1538-7445.am2025-5289
Colorectal cancer
Transcriptome
Metastasis
Medicine
Cancer
Oncology
Cancer research
Internal medicine
Biology
Gene
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2025Adaptive immune responses associated with the progression of premalignant lesions to colorectal cancer
Zhishan Chen, Dongwoo Kim, Jifeng Wang, Qiongyi Huang, Yaohui Gao, Jiayi Zheng, Linshuoshuo Lyu, Yuan Li, Ling Lu, Ruting Xie, Jung Sun Kim, Ah Reum Lim, Se Ryeon Lee, Jinny Park, Hwa Jung Sung, Dongyan Han, Xingyi Guo, Jung Yoon Choi
IF 4.9 (2025)
Scientific Reports
대장암(CRC)으로의 진행 과정에서 전암성 병변의 진행 및 분자 아형과 관련된 면역 반응은 아직 불명확하다. 정상(NL) 135건, 기존 선종(AD) 176건, 톱니양 용종(SER) 42건, 그리고 CRC 2760건의 유전자 발현 데이터를 사용하여 xCell 도구로 전체 면역 활성(ImmuneScore) 및 종양 침윤 림프구(TIL) 풍부도를 추정하였다. 조정된 다변량 회귀 모형을 이용하여 ImmuneScore 및 TIL이 CRC 진행과 연관되는지를 평가하였다. 면역조직화학(IHC) 염색은 75명의 연구 참여자에서 NL, 초기 및 후기 AD, 그리고 암종 조직에 대해 5가지 면역학적 표지에 수행하였다. 선종과 암종의 합의 분자 아형(consensus molecular subtypes; CMS)은 랜덤 포레스트 방법으로 분류하였고, 면역 활성과 CRC 진행의 연관성을 평가하였다. 면역 활성은 NL에서 전암성 병변을 거쳐 선암으로 진행함에 따라 일관되게 감소하였으며, SER보다 AD에서 더 두드러졌다(AD vs. NL: odds ratio = 0.86, 95% CI = 0.84‒0.88; SER vs. NL: 0.89, 0.85‒0.93). 유사한 양상은 B 세포, CD4 + 효과기 기억 T 세포, CD8 + 미성 T 세포, 그리고 CD8 + 세포독성 T 세포에서도 관찰되었다. 이러한 면역학적 표지에 대한 IHC 염색은 CRC 진행에서의 역할을 확인하였다. 본 분석 결과, CMS3는 AD의 주요 아형임이 확인되었다. 또한 일관되게 CMS3 아형의 CRC보다 전암성 병변에서 면역 활성 수준이 더 높게 관찰되었다. 본 연구는 면역 반응의 변화와 CRC 전암성 병변 진행 및 아형에서의 중요한 역할에 대해 추가적인 통찰을 제공한다.
https://doi.org/10.1038/s41598-025-17653-3
Immune system
Colorectal cancer
Immunohistochemistry
CD8
Cytotoxic T cell
Tumor-infiltrating lymphocytes
Tumor progression
Cancer
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Article
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2024Large-Scale Cancer Genomic Analysis Reveals Significant Disparities between Microsatellite Instability and Tumor Mutational Burden
Jung Yoon Choi, Kyong Hwa Park, Yeul Hong Kim, K. Jason, Hwa Jung Sung, Yu‐Wei Chen, Zhishan Chen, Chao Li, Wanqing Wen, Qingrun Zhang, Xiao‐Ou Shu, Wei Zheng, Jung Sun Kim, Xingyi Guo
IF 3.4 (2024)
Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention
배경: 미세위성 불안정성(microsatellite instability, MSI)과 종양 변이 부담(tumor mutational burden, TMB)은 범암 면역치료의 예측 바이오마커이다. 인간 암에서 MSI-high(MSI-H)와 TMB-high(TMB-H) 간의 상호관계 및 폐암에서 면역치료에 대한 예측적 가치가 아직 명확하지 않다. 방법: 우리는 조정된 다변량 회귀 모형을 사용하여, 인간 암에서 MSI-H와 TMB-H의 관계를 규명하기 위해 유전체 증거-신생물 정보 교환(Genomics Evidence Neoplasia Information Exchange, n = 46,320)의 체세포 변이 데이터를 분석하였다. 환자 생존은 Cox 비례위험 모형을 사용하여 검토하였다. MSI와 유전적 변이의 연관성은 평가하였다. 결과: MSI-H를 보인 환자(31–89%)는 22개 암종 전반에서 TMB-low 표현형을 나타냈다. 결장암과 위암은 TMB와 MSI 간 연관성이 가장 강했다. 면역치료를 받은 폐암의 TMB-H 환자는 TMB-low 군에 비해 전체생존기간이 유의하게 더 길었으며[위험비(HR), 0.61; 95% 신뢰구간(CI), 0.44–0.86], 무진행생존기간 역시 유의하게 더 길었다(HR, 0.65; 95% CI, 0.47–0.91). 반면 MSI-H 군에서는 유의한 치료 이득이 관찰되지 않았다. TMB와 MSI 표현형을 함께 보인 환자에서는 전체생존기간과 PFS가 추가로 개선되었다. 우리는 MSI-H 표현형과 관련된 여러 변이 유전자를 확인하였으며, 여기에는 알려진 불일치 수선(mismatch repair) 관련 유전자와 ARID1A, ARID1B와 같은 새롭게 변이된 유전자가 포함되었다. 결론: 본 연구의 결과는 TMB-H 및/또는 MSI-H의 조합이 폐암에서 면역치료의 바이오마커로 활용될 수 있음을 보여준다. 영향: 본 연구 결과는 서로 다른 암종에서 MSI-H와 TMB-H 간에 현저한 불일치가 존재하므로, 인간 암에서 면역치료를 위한 뚜렷한 또는 병합 바이오마커를 고려해야 함을 시사한다.
https://doi.org/10.1158/1055-9965.epi-23-1466
Microsatellite instability
Lung cancer
Colorectal cancer
ARID1A
Cancer
Oncology
Proportional hazards model
Immunotherapy
Internal medicine
Medicine
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2024Abstract 1160: Investigating spatial gene expression profiling in colorectal cancer: Tumor and stroma comparison between primary lesions and matched liver metastases
Jongwon Lee, Yeseul Kim, Hyo Seon Ryu, Jongmin Sim, Chungyeul Kim, Jong Min Park, Ah-Reum Lim, Jung Sun Kim, Hwa Jung Sung, Xingyi Guo, Jungmin Choi, Jung Yoon Choi
IF 16.6 (2024)
Cancer Research
nanoString GeoMx® 디지털 공간 프로파일링(DSP)은 RNA와 단백질 수준에서의 고-plex 프로파일링을 통해 종양의 공간적 평가를 조사할 수 있게 해준다. 최근의 유전체 분석은 대장암(CRC) 환자에서 원발 병변과 전이 병변 사이의 종양 간 이질성이 존재함을 보여주었다. 간 전이가 있는 CRC에서 현재의 치료 전략은 주로 원발 종양의 특성에 기반하며, 분자적 이질성이 치료 저항성에 기여하기 때문에 전이 이질성은 도전 과제이다. 또한 사람 암에서 하나의 종양 내에서도 암세포(종양)와 이들의 미세환경(기질) 사이에 공간적 종양 내 이질성이 존재한다. 그러나 CRC에서 원발 병변과 간 전이 사이에 종양과 기질의 서로 다른 공간 유전자 발현 패턴이 있는지는 아직 불명확하다. 본 연구에서는 NanoString GeoMx® DSP를 사용하여 12명의 환자(동시성 전이 6명, 이시성 전이 6명)에서 원발 병변과 일치하는 간 전이를 포함한 24개의 포르말린 고정 파라핀 포매드 조직 샘플을 조사하였다. 병리학자들이 종양의 침윤 전면 경계를 포함하는 최적의 관심영역(ROI)을 선정하였다. ROI는 PanCK-양성(종양) 및 PanCK-음성(기질)으로 분할한 후, 인덱싱된 올리고뉴클레오타이드의 수집과 Illumina 기기에서의 시퀀싱을 수행하였다. R BioConductor 패키지 standR, limma, GSEABase를 사용하여 차등 발현 및 경로 풍부화 분석을 수행하였다. 통계적 유의성은 |Log2 fold change| > 1 및 Benjamini-Hochberg 보정 P < 0.05를 기준으로 하였다. 면역세포 풍부도는 SpatialDecon 패키지를 이용해 추정하였다. 평균 연령 61세 ± 7(표준편차)인 12명의 전이 환자에서 간 전이 기질은 원발 기질과 비교하여 68개의 상향 조절 유전자와 93개의 하향 조절 유전자를 보였으며, 유전자 집합 풍부화 분석(GSEA)에서 'Immune response' 용어의 풍부화가 관찰되었다. 또한 간 기질에서는 원발 기질에 비해 CD4 T memory 세포의 비율이 더 높고 세포독성 유전자의 발현이 증가하는 것으로 나타났으며(IL7R [2.02배], CD3E [1.75배], KLRB1 [1.68배], GZMK [1.54배]), 반대로 간 전이 종양은 원발 종양에 비해 23개의 상향 조절 유전자와 6개의 하향 조절 유전자만이 확인되었고, GSEA에서는 'humoral response' 용어가 풍부화되었다. 동시성 및 이시성 전이를 대상으로 한 층화 분석에서도 유사한 양상이 관찰되었으나, 원발 기질에 비해 동시성 전이 기질에서 'immune response'가 더 두드러지게 나타났다. 본 연구는 간 전이 기질에서 CRC 기질에 비해 더 높은 면역세포 비율과 세포독성 활성이 관찰됨을 밝혔으며, 이는 독특한 원인(병인)에 대한 새로운 통찰을 제공하고 간 전이 CRC 환자를 위한 표적 치료 양식 개발에 임상적 함의를 줄 수 있을 것으로 기대된다.
인용 형식: Jongwon Lee, Yeseul Kim, Hyo Seon Ryu, Jongmin Sim, Chungyeul Kim, Jong Min Park, Ah-Reum Lim, Jung Sun Kim, Hwa Jung Sung, Xingyi Guo, Jungmin Choi, Jungyoon Choi. Investigating spatial gene expression profiling in colorectal cancer: Tumor and stroma comparison between primary lesions and matched liver metastases [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 1 (Regular Abstracts); 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(6_Suppl):Abstract nr 1160.
http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2024-1160
Stroma
Colorectal cancer
Gene expression profiling
Medicine
Primary tumor
Cancer research
Cancer
Pathology
Gene expression
Gene
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인용수 4
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2022Polygenic Risk Scores Associated with Tumor Immune Infiltration in Common Cancers
Jung Yoon Choi, Jung Sun Kim, Hwa Jung Sung, Yu‐Wei Chen, Zhishan Chen, Wanqing Wen, Xiao‐Ou Shu, Xingyi Guo
IF 5.2 (2022)
Cancers
일반적인 암에서 종양의 면역 침윤에 유전적 감수성이 기여하는지 여부는 대부분 알려져 있지 않다. 우리는 다유전자 위험 점수(polygenic risk scores, PRSs)와 흔한 암에서의 종양 면역 침윤 간의 연관성을 체계적으로 조사하였다. 먼저, 이전의 전장유전체 연관 연구(genome-wide association studies)에서 확인된 위험 변이들을 사용하여 흔한 암에 대한 PRS를 구축하였다. 다음으로, The Cancer Genome Atlas (TCGA)에서 확보한 종양 조직의 유전자 발현 데이터에 기반하여 선행 연구에서 예측한 139개의 면역 특성을 분석하였다. 우리는 회귀 분석을 적용하여, 각 암 전체 및 병기별로 PRS와 면역 특성 간의 연관성을 평가하였으며, 백인(White) 인구에서 유방암, 대장암, 폐암, 난소암, 췌장암, 전립선암의 2160건의 병리학적으로 확인된 사례를 포함하였다. 유의수준 p < 0.05에서, PRS와 면역 특성 간의 31개의 유의한 연관성을 확인하였다. 또한 유방암, 대장암, 폐 선암 및 폐 편평상피암에 대해 병기별로 층화한 분석에서는 65개의 유의한 연관성을 확인하였으며, 그중 56개는 전체 분석에서는 검출되지 않았던 연관성이었다. 본 연구는 면역 침윤에 영향을 미치는 유전적 위험 요인에 대한 근거를 제공하며, 면역 반응에서의 유전적 감수성의 역할, 암 발생, 예후 및 조기 진단 또는 치료적 표적화 전략의 잠재적 역할에 관한 새로운 통찰을 제공한다.
https://doi.org/10.3390/cancers14225571
Immune system
Oncology
Prostate cancer
Medicine
Breast cancer
Lung cancer
Genome-wide association study
Colorectal cancer
Genetic association
Internal medicine