▶본 연구 과제를 통하여 대장암 환자에서 body composition과 tumor-microenvironment 의 상관성을 확인하고 이를 바탕으로1) body composition 의 변화가 대장암 환자에서 예후와 관련성을 보이는 기전을 이해함.2) immune related signature 와 관련된 대장암 body composition 의 변화 양...
대장암
체성분
차세대염기서열분석
2
주관|
2022년 5월-2025년 2월
|57,572,000원
대장암에서 환자의 체성분과 종양 미세환경의 면역세포 침윤정도의 연관성 분석
▶ 대장암 미세환경에 침윤된 면역세포들을 차세대 염기서열 분석을 통하여 분석하여 환자별 종양 면역체계 프로파일링 및 군집화 확인
▶ 면역체계 프로파일링 특성들이 대장암 환자의 body composition과 연관성이 있는지를 확인하고 임상데이터와 조합하여 환자의 예후와 연관된 body composition related tumor immune signature 확인
▶ body composition에 따른 enriched 된 유전자 발현차이가 실제 protein level에서 발현의 차이로 반영되는지와 일반적으로 알려진 tumor microenvironment 와 관련성이 높은 biomarker 들의 발현의 정도를 대장암으로 수술을 시행 받은 환자들의 tissue microarray (TMA) 블록을 이용하여 확인
▶ 면역치료관련 유전체 발현패턴을 확인하여 대장암 면역치료반응 예상군 선별
연도별 연구 세부 내역
1년차 (2022년): 대장암 환자에서 TMA 생성 및 이를 이용하여 tumor microenvironment의 주요 단백질 발현의 차이 분석. 미세환경 면역 관련 유전체 차별 발현 sequencing을 통한 패턴 분석 및 프로파일링.
2년차 (2023년): 1년차에 이어서 주요 단백질 발현 차이 및 sequencing 데이터 수집 지속. Body composition에 따른 면역 프로파일링 차이를 나타내는 body composition related immune signature 확인.
3년차 (2024년): 대장암 재발 관련 면역 관련 signature를 검증 가능한 다양한 public dataset을 통해 확인 및 면역 치료 반응 예상군 선별.
대장암 환자에서 CT/PET radiomics 및 whole slide image를 이용하여 Immunoscore 예측 알고리즘 개발
▶ 대상환자 : 2007년 1월부터 2013년 12월까지 강남세브란스 병원에서 대장암으로 수술을 시행 받고 5년이상 추적관찰을 시행한 환자 약 1200여명을 대상으로 연구를 시행할 예정임.
▶ 1단계 - 수술 후 보관된 paraffin block 에서 unstained slide (WSIs) 를 제작하여 H&E slide 및 extremely adjacent lesion 의 CD3, CD8 T-cell 면역염색을 시행한 슬라이드 set 를 제작한 후, 고배율의 스캐너를 통해 고해상도의 이미지로 변경함. 이를 통하여 각 환자별 Immunoscore 를 측정할 수 있어 이를 추후에 예측모델을 만들고 validation 을 시행할 때 ground truth 로 활용할 예정임.
▶2단계 - 대상 환자가 수술전 시행한 CT 나 PET에서 각각 tumor lesion 에 대한 radiomics data extraction 을 시행할 예정임.
▶3단계 - 이미 확보된 deep learning 알고리즘을 이용하여 H&E WSIs 에서 tumor infiltrating lymphocytes (TILs) 의 density를 anatomical location 별로 세분하여 측정할 예정임
▶4단계 - Radiomics data 및 deep learning 기반 H&E WSI based TILs density를 이용하여 Immunoscore 예측하는 machine learning 알고리즘 개발 및 검증을 시행할 계획임.
분석방법: 대상 환자군을 training, and internal validation set 으로 나누어 각각 Immunoscore 예측 알고리즘 model development and performance 측정에 사용할 예정임. 확립된 모델과 임상 변수들을 조합하여 최종적으로 Immunoscore 를 예측하는 nomogram 을 만들어 임상에서 활용하는것을 최종 목표로 하고 있음.