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하남출 연구실
서울대학교 농생명공학부 하남출 교수
단백질 구조생물학
cryo-EM
X선 결정학
연구 영역
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하남출 연구실

서울대학교 농생명공학부 하남출 교수

하남출 연구실은 단백질 3차원 구조 기반으로 세포골격 및 핵막 구성 단백질의 조립-해체 전환, 그리고 세균 병원성 조절 단백질의 리간드 의존적 작동 원리를 규명합니다. X선 결정 구조, cryo-EM 구조 비교, 분자 모델링 및 생화학적 분석을 통해 단백질-단백질 또는 효소-기질 상호작용이 기능을 어떻게 결정하는지 해석합니다. 또한 폴리페놀 유래 저분자 및 탄닌 유래 소재의 작용 기전을 세포 및 병원성 모델에서 평가하여 기능성 소재의 응용 가능성을 함께 검토합니다.

단백질 구조생물학cryo-EMX선 결정학단백질-단백질 상호작용세균 병원성 규명
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세포골격 및 핵막 필라멘트의 구조 기반 조립-해체 기작 연구 thumbnail
세포골격 및 핵막 필라멘트의 구조 기반 조립-해체 기작 연구
Structure-based Mechanisms of Cytoskeletal and Nuclear Filament Assembly/Disassembly
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표시된 성과는 수집된 데이터 기준으로 산출되며, 일부 차이가 있을 수 있습니다.
주요 논문
5
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1
Article
|
인용수 2
·
2025
Structural insights into the role of reduced cysteine residues in SOD1 amyloid filament formation
Yeongjin Baek, Hyunmin Kim, Dukwon Lee, Da Sle Kim, Eunbyul Jo, Soung‐Hun Roh, Nam‐Chul Ha
IF 9.1 (2025)
Proceedings of the National Academy of Sciences
초산화물 불균등화효소 1(SOD1) 필라멘트의 형성은 근위축성 측삭경화증(ALS)과 연관되어 있는 것으로 시사된다. 활성 상태에서 Cys57과 Cys146 사이에 형성되는 이황화 결합의 역할은 잘 연구되어 왔으나, SOD1 필라멘트 형성에서 환원된 시스테인 잔기인 Cys6 및 Cys111의 역할은 아직 명확하지 않다. 본 연구에서는 효소 활성을 갖는 단백질 시료로부터 출발하여, thiol 기반 환원 및 금속 결핍 조건 하에서 야생형(WT)과 C6A/C111A SOD1 필라멘트의 극저온 전자현미경(cryo-EM) 구조를 규명하고 비교함으로써, 환원된 시스테인 잔기의 역할을 조사하였다. C6A/C111A 변이 SOD1은 WT 단백질보다 더 빠르게 필라멘트를 형성하였다. 변이 구조는 특징적인 짝지어진 프로토필라멘트 배열을 보였으며, 이는 WT SOD1에서 관찰된 단일 프로토필라멘트 구조의 필라멘트 코어보다 더 작은 코어를 가졌다. 단일 프로토필라멘트 형태는 발달이 더 느렸지만, 상호 종자보식(cross-seeding) 실험에서는 Cys6 및 Cys111 변이의 존재 여부와 관계없이 짝지어진 프로토필라멘트에 비해 단일 프로토필라멘트 형태가 우세함이 확인되었다. 이러한 결과는 필라멘트 코어 내 아미노산 잔기의 수가 조립에 필요한 에너지 요구량을 결정하는 데 중요함을 강조한다. 본 연구는 필라멘트 형성의 개시와 전파를 규명함으로써, 궁극적으로 유해한 아밀로이드 필라멘트로 이어질 수 있는 ALS 병인에 대한 통찰을 제공한다.
https://doi.org/10.1073/pnas.2408582122
SOD1
Protein filament
Cysteine
Biophysics
Intermediate filament
Mutant
Chemistry
Superoxide dismutase
Amyloid (mycology)
Biochemistry
2
Article
|
·
인용수 5
·
2024
EGCG inhibits cystathionine gamma-lyase MccB from Staphylococcus aureus by making a hemiacetal compound with pyridoxal phosphate
Kyumi Byun, Dukwon Lee, H. S. Kim, Doo‐Hee Lee, Yongbin Xu, Yonghoon Kwon, Nam‐Chul Ha
IF 5.9 (2024)
Food Bioscience
https://doi.org/10.1016/j.fbio.2023.103560
Staphylococcus aureus
Hemiacetal
Chemistry
Pyridoxal
Pyridoxal phosphate
Enzyme
Bacteria
Biochemistry
Microbiology
Cystathionine gamma-lyase
3
Review
|
인용수 3
·
2024
Deciphering vimentin assembly: Bridging theoretical models and experimental approaches
Soyeon Jeong, Nam‐Chul Ha
IF 6.5 (2024)
Molecules and Cells
진핵 세포 골격의 주요 구성요소인 비멘틴 중간섬유(IF)의 복잡한 조립 과정은 아직 충분히 규명되지 않았다. 본 연구에서는 용해성 사량체 비멘틴 단위에서 성숙한 11-nm 관상 섬유로의 전이를 조사함으로써, 중간섬유 조립에 대한 이해에서 중요한 공백을 다루었다. 이론적 모델링과 실험 데이터 분석을 결합하여, 나선형 턴의 역할과 용해성 사량체에 의한 갭 메움(gap filling)을 강조하는 새로운 조립 순서를 제안한다. 본 연구 결과는 비멘틴의 독특한 구조적 역학을 조명하며, 중간섬유 형성의 일반적 원리에 대해 더 넓은 함의를 시사한다.
https://doi.org/10.1016/j.mocell.2024.100080
Vimentin
Bridging (networking)
Intermediate filament
Protein filament
Cytoskeleton
Intermediate Filament Protein
Nanotechnology
Chemistry
Biophysics
Materials science
최신 정부 과제
45
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1
2025년 8월-2028년 8월
|193,331,000
AI 기반, 항원력 극대화를 위한 최적화된 입체 geometry를 갖춘 다가항원 전달체 개발
- 자연계에서 발견되는 입체 geometry를 가진 다가항원 전달체 개발.- AI 기반 프로그램을 이용하여, 새로운 입체 geometry를 가진 다가항원 전달체 디자인.- AI 기반, 난발현성 항원을 수용성 발현하면 면역원성이 높은 항원 개발 플랫폼 구축.- 항원 교체만으로 여러 감염병에 신속 대응 가능한 모듈형 백신 플랫폼 구축.
백신
인공지능
다가항원
항원전달체
단백질 구조
2
2024년 3월-2028년 12월
|6,665,000,000
구조기반 신약개발 기업지원 플랫폼 구축
1. 사업 종료 후에도 지속 가능한 세계 최고 수준의 구조기반 신약발굴 플랫폼 구축2. 가속기, cryo-EM, 분자설계 기술을 통합 활용한 신약발굴 플랫폼 구축 및 기술확산
가속기
초저온전자현미경
단백질구조
단백질설계
분자설계
3
2024년 3월-2028년 12월
|1,250,510,000
푸드테크 인력양성 및 기술개발
최종목표: 농식품 분야와 타 학제 간의 융복합 교과목 개발 및 석·박사 연구인력 참여를 통한 핵심기술 개발을 기반으로, 푸드테크 산업을 주도할 융복합 고급 연구인력 양성을 통한 산업의 경쟁 우위 확보
푸드테크
농식품
인력양성
융합기술
기술개발
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상태출원연도과제명출원번호상세정보
공개2024메탄 생산 저감용 조성물 및 이를 이용한 메탄 생산 저감 방법1020240088286
공개2024옥살산 이수화물을 포함하는 김 양식용 활성처리제1020240076080-
공개2023EGCG를 유효성분으로 포함하는 조성물 및 이의 용도1020230154422
전체 특허

메탄 생산 저감용 조성물 및 이를 이용한 메탄 생산 저감 방법

상태
공개
출원연도
2024
출원번호
1020240088286

옥살산 이수화물을 포함하는 김 양식용 활성처리제

상태
공개
출원연도
2024
출원번호
1020240076080

EGCG를 유효성분으로 포함하는 조성물 및 이의 용도

상태
공개
출원연도
2023
출원번호
1020230154422