목적: 운동–미생물군집 연구는 빠르게 확장되고 있으나, 방법론적 이질성과 기술적 한계는 재현성과 기전적 해석을 여전히 저해하고 있다. 본 고찰은 이러한 장벽을 극복하기 위한 포괄적인 방법론적 로드맵을 제시한다. 방법: 우리는 1998년부터 2025년까지 발표된 문헌을 대상으로, 미리 정의된 운동 및 장-미생물군집(gut-microbiome) 관련 용어의 조합을 사용하여 PubMed, Web of Science, Scopus에서 구조화된 문헌 검색을 수행하였다. 중복 제거 후, 미리 지정한 기준에 따라 제목/초록 및 전문을 선별하였고, 호기성 및 저항성/혐기성 운동과 장내 미생물(gut microbiota)에 관한 99편의 적격 연구를 도출하였다. 근거는 표준 단독(short-read) 16S rRNA 프로토콜, 샷건 메타게놈(shotgun metagenomics), 그리고 새롭게 부상하는 장독(read) 시퀀싱(long-read sequencing), 더불어 메타전사체학(metatranscriptomics), 대사체학(metabolomics) 및 관련 생물정보학 파이프라인에 걸쳐 비판적으로 평가되었다. PRISMA 스타일의 흐름도는 연구-선정 과정을 요약한다. 결과: 다양한 양상의 운동은 장내 미생물의 다양성과 군집 구조를 재형성하며, 종종 <i>Akkermansia muciniphila</i> 및 <i>Veillonella</i>와 같은 분류군을 풍부하게 하고 단쇄지방산(short-chain fatty acids, SCFAs)의 생성을 증가시킨다. SCFAs는 장 장벽을 강화하고 항염증 경로를 활성화하며, 대장세포(colonocytes)와 운동 근육에 에너지 기질을 공급한다. 장독 시퀀싱은 현재 짧은 V-영역 앰플리콘을 넘어 종 및 균주 수준의 해상도를 가능하게 하였고, 장 진균군집(gut mycobiome)과 바이롬(virome)을 포함함으로써 생태학적 범위가 확장된다. 메타게놈, 메타전사체학, 대사체학을 통합하는 다중오믹스 설계는 미생물의 구성과 기능적 산출물, 그리고 숙주의 대사 적응을 연결한다. 결론: 운동–미생물군집 과학의 미래는 반응하는 미생물에 대한 정적인 분류 목록을 확장하는 데 있지 않으며, 개인 수준의 예측 모델을 구축하는 데 있다. 장독 시퀀싱과 다중오믹스를 표준화된 훈련 메타데이터와 통합하면 정밀한 운동 처방과 미생물군집 표적 개입(예: 맞춤형 프로바이오틱스, 신바이오틱스, 영양 전략)을 가능하게 할 것이다. 이러한 고급 방법론의 도입은 기전적 통찰을 가속하고, 운동–미생물군집 연구의 운동수행 최적화 및 임상 적용으로의 번역을 촉진할 수 있다.