배경 토착 마을 닭의 사육(스캐빈징)은 사하라 이남 아프리카에서 핵심적인 역할을 하며, 수백만 명의 농민들의 생계를 유지하는 데 기여한다. 이들 닭은 상업용 닭과 비교하여 현저히 다른 환경과 사료에 노출되어 있다. 본 연구에서는 고도 의존적 농업생태권에서 서로 다른 조건으로 사육되는 에티오피아 토착 마을 닭 243마리의 맹장(caecum) 미생물군집을 분석하였다. 결과 세균의 다양성 차이는 특정 기후 요인, 표토(topsoil) 특성, 그리고 농민이 제공하는 보충 사료의 차이와 유의하게 상관되었다. 미생물군집은 세 가지 엔터타입(enterotypes)으로 군집화되었으며, 그중 하나는 고고도에서 특히 풍부하였다. 우리는 9977개의 분류학적 및 기능적으로 다양한 메타지노믹 조립 게놈(metagenome-assembled genomes)을 구성하였다. 이들 대부분은 이전에 출판된 닭 미생물의 데이터셋이나 Genome Taxonomy Database에서 발견되지 않았다. 결론 이러한 미생물의 폭넓은 기능적·분류학적 다양성은 토착 가금류의 지역 적응에 있어 그 중요성을 시사하며, 환경 요인이 미생물군집에 미치는 유의한 영향은 다른 농업생태권에서도 추가적인 발견이 필요함을 뒷받침한다.

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