핵심 후보 유전자였다. Gene Ontology 및 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 경로에서의 농축 분석 결과, 차등발현유전자(DEG)는 세포 주기, 세포외 공간, 콜라겐 트라이머, platelet-derived growth factor 결합, 운동 단백질과 같은 생물학적 과정에 관여하는 것으로 시사되었다. 본 연구는 Landrace 및 JNP의 유전자 발현 특성에 관한 중요한 통찰을 제공하고, 우수한 육질 및 성장률과 같은 경제적 형질과 관련된 기전을 해명한다. 또한, 이러한 결과는 육질 향상을 위한 기초 자료를 제공하며 두 품종 모두에 대한 유전적 개량 전략을 제안한다.

닭은 전 세계적으로 경제적·영양적으로 가장 중요한 가축 종 중 하나이지만, 성장과 생리적 안정성을 저해하는 환경 스트레스 요인에 매우 취약하다. 본 연구에서는 고온 조건에서 Ross-308 육계의 성장 성적, 생리적 반응, 혈액 지표, 그리고 전사체(transcriptomic) 적응에서 풍속의 영향을 조사하였다. 총 240마리의 육계를 세 집단으로 나누었다: 저풍·고온(LWH; 33°C, 60% RH, 0 m/s), 중풍·고온(MWH; 33°C, 60% RH, 1 m/s), 그리고 고풍·고온(HWH; 33°C, 60% RH, 2 m/s). 그 결과 HWH 및 MWH 집단의 닭은 LWH 집단에 비해 더 높은 사료섭취량과 체중증가, 그리고 더 향상된 체온조절을 보였으며, 이는 직장 온도와 호흡수의 감소로 확인되었다. 또한 혈청 칼륨 및 인(phosphorus) 수준은 HWH 및 MWH 집단에서 더 높게 나타나, 열 스트레스 하에서 대사 안정성이 향상되었음을 시사하였다. 전사체 분석에서는 HSPB9, THBS1, TLR2, EHHADH, PDK4와 같은 유전자들이 포함된 열 스트레스 반응과 관련된 차등발현 유전자가 확인되었다. 기능적 농축 분석에서는 생명에 필수적인 과정, 선천 면역 반응, 그리고 생합성 경로와 관련된 경로들이 확인되었으며, 이는 열 내성에 기여한다. PDK4 및 열충격 단백질(heat shock proteins)과 같은 상향 조절 유전자는 에너지 효율 및 스트레스 반응의 개선과 연관된 반면, LWH에서의 하향 조절 유전자는 성장 저하가 있음을 나타냈다. 본 연구는 육계에서 풍속이 열 스트레스의 영향을 완화하는 데 있어 중요한 역할을 한다는 점을 강조하며, 가금 생산에서의 환경 관리 고도화와 잠재적인 유전적·영양학적 전략을 위한 기반을 마련한다.

기후 변화는 전 세계 기온을 상승시키며, 이는 가축과 인간 모두에게 치명적이다. 열 스트레스는 여러 가축 스트레스 중 하나로 알려져 있으며, 낙농우는 고온 스트레스에 민감하게 반응한다. 본 연구는 낙농우의 건강에 대한 열 스트레스의 영향과 생물학적 변화 양상을 보다 명확히 이해하고자 하였다. 개체 암소를 정상 조건(21-22 °C, 50-60% 습도)과 고온 조건(31-32 °C, 80-95% 습도)으로 나누어 각각 7일간 사육하였다. 혈액 및 분변의 장내 미생물군에 대해 대사체학(metabolomics)과 전사체(transcriptome) 분석을 수행하였다. 고온 군에서는 리놀레산(linoleic acid)과 과당(fructose)을 포함한 9개의 대사체가 하향 조절되었고, 154개의 상향 조절 및 72개의 하향 조절 DEGs(Differentially Expressed Genes, 차등 발현 유전자)가 확인되었으며, Intestinimonas 및 Pseudoflavonifractor를 포함한 18개의 미생물이 속(genus) 수준에서 정상 군과 유의한 차이를 보였다. 리놀레산과 과당은 다양한 스트레스와 연관됨이 확인되었고, 차등 발현 유전자 및 유의한 차이를 보인 미생물에 대한 기능 분석을 통해 고온 스트레스가 염증 반응, 면역계, 세포 에너지 기전 및 미생물 부티레이트(butyrate) 생성과 관련되어 있음을 확인하였다. 이러한 생물학적 변화는 고온 스트레스를 견디는 데 도움이 되었을 가능성이 있다. 열 스트레스에 의해 유도되는 것으로 알려진 면역 및 염증 반응은 대사체, 전사체 및 미생물군 수준에서의 조절을 통해 항상성(homeostasis)을 유지하는 것으로 확인되었다. 본 연구 결과에서 열 스트레스 조건은 면역계 및 세포 에너지 대사의 변화를 유발할 수 있으며, 이는 감소된 대사체, 경로 풍부화(pathway enrichment), 그리고 차등 미생물의 형태로 나타난다. 본 연구는 직접적인 표현형 데이터(phenotypic data)를 포함하지 않았으므로, 향후 추가적인 검증이 필요하다고 판단된다. 결론적으로, 고온 스트레스는 대사체의 감소, 유전자 발현 패턴의 변화, 그리고 장내 미생물군 조성의 변화를 유발하였으며, 면역 관련 유전자와 세포 에너지 대사를 조절함으로써 낙농우가 고온 스트레스를 견디는 데 기여하는 것으로 생각된다.

illumina 시퀀싱 기반 tRNA-Seq을 이용한 전달 RNA(tRNA)의 정량화는 높은 수준의 중복성과 광범위한 변형 정도 때문에 복잡하다. 그에 따라, 어떤 tRNA-Seq 방법도 널리 확립되지 않았으며, 시퀀싱 읽기에서 tRNA를 정량화하기 위한 다양한 접근법이 제안되어 왔다. 여기서는 현실적인 tRNA-Seq 시뮬레이션을 사용하여, 두 가지의 새로운 접근법을 포함한 tRNA-Seq 정량화 접근법들을 벤치마킹한다. 우리는 서로 다른 5가지 tRNA-Seq 방법을 모사하도록 설계된 데이터를 사용하여, 이 새로운 접근법들이 일관되게 가장 정확함을 보여준다. 또한 이러한 시뮬레이션 기반 벤치마킹은 각 정량화 접근법의 특정한 한계점을 규명하고, 실제 tRNA-Seq 데이터에서 세포주 간 관찰되는 변이의 최대 13%가 정량화 정확도의 체계적 차이에 기인할 수 있음을 시사한다.

닭은 전 세계적으로 경제적·영양적으로 가장 중요한 가축 종 중 하나이지만, 성장과 생리적 안정성을 저해하는 환경 스트레스 요인에 매우 취약하다. 본 연구에서는 고온 조건에서 Ross-308 육계의 성장 성적, 생리적 반응, 혈액 지표, 그리고 전사체(transcriptomic) 적응에서 풍속의 영향을 조사하였다. 총 240마리의 육계를 세 집단으로 나누었다: 저풍·고온(LWH; 33°C, 60% RH, 0 m/s), 중풍·고온(MWH; 33°C, 60% RH, 1 m/s), 그리고 고풍·고온(HWH; 33°C, 60% RH, 2 m/s). 그 결과 HWH 및 MWH 집단의 닭은 LWH 집단에 비해 더 높은 사료섭취량과 체중증가, 그리고 더 향상된 체온조절을 보였으며, 이는 직장 온도와 호흡수의 감소로 확인되었다. 또한 혈청 칼륨 및 인(phosphorus) 수준은 HWH 및 MWH 집단에서 더 높게 나타나, 열 스트레스 하에서 대사 안정성이 향상되었음을 시사하였다. 전사체 분석에서는 HSPB9, THBS1, TLR2, EHHADH, PDK4와 같은 유전자들이 포함된 열 스트레스 반응과 관련된 차등발현 유전자가 확인되었다. 기능적 농축 분석에서는 생명에 필수적인 과정, 선천 면역 반응, 그리고 생합성 경로와 관련된 경로들이 확인되었으며, 이는 열 내성에 기여한다. PDK4 및 열충격 단백질(heat shock proteins)과 같은 상향 조절 유전자는 에너지 효율 및 스트레스 반응의 개선과 연관된 반면, LWH에서의 하향 조절 유전자는 성장 저하가 있음을 나타냈다. 본 연구는 육계에서 풍속이 열 스트레스의 영향을 완화하는 데 있어 중요한 역할을 한다는 점을 강조하며, 가금 생산에서의 환경 관리 고도화와 잠재적인 유전적·영양학적 전략을 위한 기반을 마련한다.

핵심 후보 유전자였다. Gene Ontology 및 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 경로에서의 농축 분석 결과, 차등발현유전자(DEG)는 세포 주기, 세포외 공간, 콜라겐 트라이머, platelet-derived growth factor 결합, 운동 단백질과 같은 생물학적 과정에 관여하는 것으로 시사되었다. 본 연구는 Landrace 및 JNP의 유전자 발현 특성에 관한 중요한 통찰을 제공하고, 우수한 육질 및 성장률과 같은 경제적 형질과 관련된 기전을 해명한다. 또한, 이러한 결과는 육질 향상을 위한 기초 자료를 제공하며 두 품종 모두에 대한 유전적 개량 전략을 제안한다.

illumina 시퀀싱 기반 tRNA-Seq을 이용한 전달 RNA(tRNA)의 정량화는 높은 수준의 중복성과 광범위한 변형 정도 때문에 복잡하다. 그에 따라, 어떤 tRNA-Seq 방법도 널리 확립되지 않았으며, 시퀀싱 읽기에서 tRNA를 정량화하기 위한 다양한 접근법이 제안되어 왔다. 여기서는 현실적인 tRNA-Seq 시뮬레이션을 사용하여, 두 가지의 새로운 접근법을 포함한 tRNA-Seq 정량화 접근법들을 벤치마킹한다. 우리는 서로 다른 5가지 tRNA-Seq 방법을 모사하도록 설계된 데이터를 사용하여, 이 새로운 접근법들이 일관되게 가장 정확함을 보여준다. 또한 이러한 시뮬레이션 기반 벤치마킹은 각 정량화 접근법의 특정한 한계점을 규명하고, 실제 tRNA-Seq 데이터에서 세포주 간 관찰되는 변이의 최대 13%가 정량화 정확도의 체계적 차이에 기인할 수 있음을 시사한다.

기후 변화는 전 세계 기온을 상승시키며, 이는 가축과 인간 모두에게 치명적이다. 열 스트레스는 여러 가축 스트레스 중 하나로 알려져 있으며, 낙농우는 고온 스트레스에 민감하게 반응한다. 본 연구는 낙농우의 건강에 대한 열 스트레스의 영향과 생물학적 변화 양상을 보다 명확히 이해하고자 하였다. 개체 암소를 정상 조건(21-22 °C, 50-60% 습도)과 고온 조건(31-32 °C, 80-95% 습도)으로 나누어 각각 7일간 사육하였다. 혈액 및 분변의 장내 미생물군에 대해 대사체학(metabolomics)과 전사체(transcriptome) 분석을 수행하였다. 고온 군에서는 리놀레산(linoleic acid)과 과당(fructose)을 포함한 9개의 대사체가 하향 조절되었고, 154개의 상향 조절 및 72개의 하향 조절 DEGs(Differentially Expressed Genes, 차등 발현 유전자)가 확인되었으며, Intestinimonas 및 Pseudoflavonifractor를 포함한 18개의 미생물이 속(genus) 수준에서 정상 군과 유의한 차이를 보였다. 리놀레산과 과당은 다양한 스트레스와 연관됨이 확인되었고, 차등 발현 유전자 및 유의한 차이를 보인 미생물에 대한 기능 분석을 통해 고온 스트레스가 염증 반응, 면역계, 세포 에너지 기전 및 미생물 부티레이트(butyrate) 생성과 관련되어 있음을 확인하였다. 이러한 생물학적 변화는 고온 스트레스를 견디는 데 도움이 되었을 가능성이 있다. 열 스트레스에 의해 유도되는 것으로 알려진 면역 및 염증 반응은 대사체, 전사체 및 미생물군 수준에서의 조절을 통해 항상성(homeostasis)을 유지하는 것으로 확인되었다. 본 연구 결과에서 열 스트레스 조건은 면역계 및 세포 에너지 대사의 변화를 유발할 수 있으며, 이는 감소된 대사체, 경로 풍부화(pathway enrichment), 그리고 차등 미생물의 형태로 나타난다. 본 연구는 직접적인 표현형 데이터(phenotypic data)를 포함하지 않았으므로, 향후 추가적인 검증이 필요하다고 판단된다. 결론적으로, 고온 스트레스는 대사체의 감소, 유전자 발현 패턴의 변화, 그리고 장내 미생물군 조성의 변화를 유발하였으며, 면역 관련 유전자와 세포 에너지 대사를 조절함으로써 낙농우가 고온 스트레스를 견디는 데 기여하는 것으로 생각된다.

. 이러한 결과는 초기 성장 단계에서의 혈액이 성별에 따라 조직 발달, 신경계, 그리고 색소 형성에서 서로 다르게 영향을 받는다는 것을 시사한다. 향후 연구에서는 DEG의 실험적 특성 규명이 필요하며, 다양한 조직과 성장 단계 전반에 대한 총체적 조사가 요구된다.

양식업에서의 빛 조작은 성장과 번식의 최적화를 위한 잠재력을 제공하지만, 상업 규모 환경에서의 단색광(단색 파장) 빛이 미치는 구체적인 영향은 여전히 충분히 이해되지 않았다. 본 연구는 상업 규모 양식 환경에서 1년 동안 500-nm 발광다이오드(LED) 빛(13L:11D)이 성체 암컷 참돔(oliv e flounders; 문맥상 ‘olive flounder’)에 미치는 영향을 조사하였다. 500-nm 빛에 노출된 개체는 자연광 조건에 비해 유의하게 더 높은 체중과 상태지수(condition factor)를 보였다. 이러한 성장 증진은 10월부터 2월까지 간(liver)에서 인슐린양 성장인자-1 유전자(Insulin-like growth factor-1 gene, Igf-1)의 전사 수준 증가와, 12월부터 4월까지 시상하부(hypothalamus)에서 멜라닌 농축 호르몬 유전자(melanin-concentrating hormone gene, MCH)의 발현 증가를 동반하였다. 처리군은 생식 발달이 억제되는 양상을 보였는데, 이는 10월부터 2월까지 생식소 체성지수(gonado somatic index, GSI) 값이 유의하게 낮았고, 난소 성숙이 지연된 것으로 확인되었다. 조직학적 분석 결과, 대조군의 난소에서는 2월에 후기 난황형성(late vitellogenic) 난모세포가 관찰된 반면, 500-nm군에서는 초기 난황형성(early vitellogenic) 단계가 유지되었다. 이러한 생식 지연은 뇌하수체(pituitary gland)에서 난포자극호르몬 β(follicle-stimulating hormone β, fshβ) 및 황체형성호르몬 β 소단위(luteinizing hormone β subunit, lhβ) 유전자의 발현 감소, 그리고 산란기와 비산란기 모두에서 난소의 시토크롬 P450 계열 19 아형 A 유전자(ovarian cytochrome P450 family 19 subfamily A gene, cyp19a) 수준 감소와 연관되었다. 특히, 아랄킬아민 N-아세틸전이효소(aralkylamine N-acetyltransferase, aanat1) 전사 수준은 500-nm 빛 조건에서 10월과 12월에 유의하게 증가하여, 멜라토닌(melatonin) 매개 생리 리듬 조절의 변화 가능성을 시사하였다. 이러한 결과는 13L:11D 광주기를 갖는 500-nm LED 조명이 상업 규모의 암컷 올리브 넙치(olive flounder) 양식에서 성장을 효과적으로 증진하는 동시에 생식 발달을 억제함을 보여주며, 암컷 올리브 넙치의 성장-번식 간 상충(trade-off) 관리를 위한 삼배체 유도(triploid induction)와 같은 전통적 방법에 대한 실용적인 대안을 제공한다.

'. 스마트 축산 빅데이터와 데이터 웨어하우스와 같은 핵심 구성요소의 보급에 대해 개요를 제시한다.'