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석차옥 연구실
서울대학교 화학부 석차옥 교수
계산생물리화학
단백질-리간드 도킹
단백질 구조예측
기본 정보
연구 분야
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논문
구성원

석차옥 연구실

서울대학교 화학부 석차옥 교수

석차옥 연구실은 단백질 구조와 복합체 상호작용을 입력으로 하여 물리 기반 요소와 데이터 기반 학습을 결합하는 계산 생물리 화학 연구를 수행합니다. 단백질 표면의 수화수 위치를 3D 신경망으로 예측하여 수소결합 네트워크를 해석하는 기술을 보유하고 있습니다. 또한 전역 최적화와 학습된 에너지/스코어링 함수를 결합한 단백질-리간드 도킹, 구조 정렬, 화학공간 탐색 방법을 통해 결합 포즈와 결합 부위를 예측합니다. 더불어 치료용 단백질과 백신 항원의 T 세포 면역원성 및 항체 안전성 리스크를 다중도메인 딥러닝으로 예측하는 연구도 병행합니다.

계산생물리화학단백질-리간드 도킹단백질 구조예측딥러닝 기반 스코어링 함수수화수 3D 예측
대표 연구 분야
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단백질 표면 물 분자(수화) 위치 예측 및 수소결합 네트워크 분석 연구 thumbnail
단백질 표면 물 분자(수화) 위치 예측 및 수소결합 네트워크 분석 연구
Hydration-aware protein modeling via water-position prediction and hydrogen-bond network analysis
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연구 성과 추이
표시된 성과는 수집된 데이터 기준으로 산출되며, 일부 차이가 있을 수 있습니다.

5개년 연도별 논문 게재 수

54총합

5개년 연도별 피인용 수

1,244총합
주요 논문
5
논문 전체보기
1
article
|
인용수 2
·
2025
Editorial overview: Artificial intelligence methodologies in structural biology
Chaok Seok, Pratyush Tiwary
IF 7 (2025)
Current Opinion in Structural Biology
https://doi.org/10.1016/j.sbi.2025.103156
Structural biology
Applications of artificial intelligence
Systems biology
Structural approach
2
review
|
·
인용수 6
·
2025
Artificial intelligence in therapeutic antibody design: Advances and future prospects
Su‐Jin Park, Wooyeop Jeong, Yubeen Kim, Chang‐Han Lee, Chaok Seok
IF 7 (2025)
Current Opinion in Structural Biology
https://doi.org/10.1016/j.sbi.2025.103084
Computational biology
Biology
3
article
|
인용수 2
·
2025
T-SCAPE: T cell immunogenicity scoring via cross-domain aided predictive engine
Jeonghyeon Kim, Nuri Jung, J.Y. Lee, Nam‐Hyuk Cho, Jinsung Noh, Chaok Seok
IF 12.5 (2025)
Science Advances
T cell immunogenicity, the ability of peptide fragments to elicit T cell responses, is a critical determinant of the safety and efficacy of protein therapeutics and vaccines. While deep learning shows promise for in silico prediction, the scarcity of comprehensive immunogenicity data is a major challenge. We present T cell immunogenicity scoring via cross-domain aided predictive engine (T-SCAPE), a novel multidomain deep learning framework that leverages adversarial domain adaptation to integrate diverse immunologically relevant data sources, including major histocompatibility complex (MHC) presentation, peptide-MHC (pMHC) binding affinity, T cell receptor-pMHC interaction, source organism information, and T cell activation. Validated through rigorous leakage-controlled benchmarks, T-SCAPE demonstrates exceptional performance in predicting T cell activation for specific peptide-MHC pairs. It also accurately predicts the antidrug antibody-inducing potential of therapeutic antibodies without requiring MHC inputs. This success is attributed to T-SCAPE's biologically grounded and data-driven multidomain pretraining. Its consistent and robust performance highlights its potential to advance the development of safer and more effective vaccines and protein therapeutics.
https://doi.org/10.1126/sciadv.adz8759
Immunogenicity
In silico
T cell
Major histocompatibility complex
Cell
Antigen
Human leukocyte antigen
최신 정부 과제
37
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1
2024년 9월-2028년 3월
|1,908,623,000
디지털 사이토카인계, 그리고 AI 기반 조절 물질 개발
전 세계 수백만 명이 겪고 있는 면역 관련 질환을 치료하기 위해 현재 항체 치료법에 의존하고 있는 상황이다. 본 연구에서는 저렴하고 경구 복용이 가능하며 환자 접근성이 높은 저분자 합성 신약 발견을 가속화할 수 있는 파이프라인을 글로벌 협력을 통해 구축하고자 한다. 본 연구팀은 분자 설계 AI, 구조생물학, 의약 화학, 세포 기반 분석의 다학제적 접근을 위...
분자설계 인공지능
사이토카인
신약개발
분자구조예측 인공지능
2
2024년 9월-2028년 3월
|2,289,887,000
디지털 사이토카인계, 그리고 AI 기반 조절 물질 개발
전 세계 수백만 명이 겪고 있는 면역 관련 질환을 치료하기 위해 현재 항체 치료법에 의존하고 있는 상황이다. 본 연구에서는 저렴하고 경구 복용이 가능하며 환자 접근성이 높은 저분자 합성 신약 발견을 가속화할 수 있는 파이프라인을 글로벌 협력을 통해 구축하고자 한다. 본 연구팀은 분자 설계 AI, 구조생물학, 의약 화학, 세포 기반 분석의 다학제적 접근을 위...
분자설계 인공지능
사이토카인
신약개발
분자구조예측 인공지능
3
2024년 7월-2027년 4월
|375,000,000
GPCR 신호전달 연구실
최종목표: 구조생물학, 계산생물학, 세포생물학 전문가가 하나의 팀으로 신약 표적 GPCR의 리간드 결합에 의한 하위신호전달 경로 선택성 및 활성화 기전을 분자수준에서 밝히고 새로운 리간드 발굴 기술 개발을 통해 GPCR 구조기반 신약개발 플랫폼 구축에 기여하고자 함.(1) 표적 GPCR 선정 및 구조연구의 필요성: 도파민 수용체○ 본 기초연구실 과제 수행에...
G 단백질 연결 수용체
신호전달
단백질 구조
계산생물학
도파민 수용체
최신 특허
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상태출원연도과제명출원번호상세정보
등록2025단백질 면역원성 예측 장치1020250039959-
등록2023템플릿 구조 정보를 활용한 단백질-리간드 도킹 장치 및 방법1020230158732
등록2023헴단백질을 위한 단백질-리간드 도킹 예측 장치 및 방법1020230156345
전체 특허

단백질 면역원성 예측 장치

상태
등록
출원연도
2025
출원번호
1020250039959

템플릿 구조 정보를 활용한 단백질-리간드 도킹 장치 및 방법

상태
등록
출원연도
2023
출원번호
1020230158732

헴단백질을 위한 단백질-리간드 도킹 예측 장치 및 방법

상태
등록
출원연도
2023
출원번호
1020230156345

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