암 줄기세포(Cancer stem cells, CSCs)는 종양 미세환경 내에서 분화, 재생, 그리고 항암화학요법제에 대한 내성을 보일 수 있는 회복탄력적인 하위 집단을 의미하며, 종종 휴면(dormancy)을 방패로 사용한다. 약물 내성과 전이성이라는 고유한 특성은 효과적인 표적화에 어려움을 초래한다. 이러한 세포들은 유지와 생존을 위해 특정 대사 과정들을 활용한다. 그중 하나가 자가포식(autophagy)이며, 자가포식은 일반적으로 에너지 항상성에 도움을 주지만 CSCs에 의해 탈취되면 줄기성(stemness)을 유지하는 데 기여할 수 있다. 따라서 특정 암들은 생존을 위해 자가포식에 의존하는 경향이 있으므로, 자가포식은 CSCs의 ‘아킬레스건(Achilles heel)’으로 종종 언급된다. 자가포식은 암 줄기세포(CSCs)의 줄기성을 유지하는 데 필수적이면서도, 특정 맥락에서는 취약점으로 기능하여 치료의 표적으로는 복잡한 대상이 될 수 있다. AMPK(AMP-activated protein kinase; 5' adenosine monophosphate-activated protein kinase)와 같은 자가포식 조절인자들은 거친 환경에서 CSCs의 대사 재프로그래밍을 돕는 방식으로 CSCs의 줄기성을 유지하는 데에도 중요한 역할을 한다. 본 종설의 목적은 CSCs에서 자가포식과 AMPK 간의 상호작용을 규명하고, 자가포식 표적화의 과제들을 부각시키며, 이러한 제한을 극복하기 위한 치료 전략을 논의하는 데 있다. 본 종설은 암 생물학, 특히 CSCs에서의 자가포식 및 그 조절인자에 관한 선행 연구에 초점을 맞추고, 아직 해결되지 않은 질문들을 다루며, 치료를 위한 잠재적 표적 또한 함께 조명한다.