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한범 연구실
서울대학교 의과학과 한범 교수
단일세포전사체
공간전사체
차등발현유전자
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한범 연구실

서울대학교 의과학과 한범 교수

한범 연구실은 의과학과를 기반으로 유전체 데이터의 통계적 해석과 소프트웨어 기반 분석 방법을 개발합니다. 단일세포 RNA-seq 및 공간전사체에서 클러스터링에 의존하지 않는 차등발현 유전자 탐지, 배치 보정 관점을 반영한 차원축소, GLMM의 대안이 되는 pseudobulk 통계 절차를 핵심 기술로 보유하고 있습니다. 또한 참여 편향 보정, Mendelian randomization을 통한 인과 추정, 분산성분 분석 및 혼혈 집단의 linkage disequilibrium 모델링을 통해 집단유전학 관점의 추론을 수행합니다. 별도로 HLA imputation에서 다중 reference panel 통합과 homomorphic encryption 기반 프라이버시 보존 계산을 연구합니다.

단일세포전사체공간전사체차등발현유전자pseudobulk 통계모델집단유전학
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단일세포·공간전사체에서 차등발현 및 통계적 차원축소를 위한 분석 알고리즘 연구 thumbnail
단일세포·공간전사체에서 차등발현 및 통계적 차원축소를 위한 분석 알고리즘 연구
Algorithmic methods for differential expression and dimensionality reduction in single-cell and spat
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연구 성과 추이
표시된 성과는 수집된 데이터 기준으로 산출되며, 일부 차이가 있을 수 있습니다.

5개년 연도별 논문 게재 수

37총합

5개년 연도별 피인용 수

623총합
주요 논문
5
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1
article
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·
2025
Admixed and single-continental genome segments of the same ancestry have distinct linkage disequilibrium patterns
Hanbin Lee, Moo Hyuk Lee, Kangcheng Hou, Bogdan Paşaniuc, Buhm Han
IF 9.4 (2025)
Genome biology
배경: 혼합집단(admixed populations)은 복잡한 형질의 유전적 구성을 이해하는 데 귀중한 통찰을 제공한다. 많은 연구에서 혼합집단에서의 전장유전체 연관분석(genome-wide association study, GWAS)을 위한 방법들이 제안되었으며, 다양한 시뮬레이션 연구들이 그 성능을 평가해 왔다. 본 연구에서는 집단유전학적 관점에서 최근 제안된 혼합 GWAS(admixed GWAS) 방법들을 비교하는 또 다른 방향을 제시한다. 결과: 우리의 이론적 접근은 원인 변이(causal variant)가 검정되는 경우에 대해, 각 방법의 검정력을 수학적으로 직접 비교한다. 이는 집단유전학적 혼합(admixture) 모형으로부터 해당 방법들의 분산 공식을 유도함으로써 수행된다. 우리의 결과는 표준 GWAS 검정이 대안적 검정들보다 더 강력하다는 기존 관찰을 해석적으로 확인하는데, 이는 대안들이 활용하지 못하는 대립유전자 빈도의 이질성(allele frequency heterogeneity)을 표준 검정이 활용하기 때문이다. 부수적으로, 요약통계치(summary statistics)만 사용하여 다자유도(multi-degrees-of-freedom) 검정의 검정력을 향상시키는 간단한 방법을 도출한다. 또한 원인 변이가 직접적으로 알려져 있지 않고, 연관불평형(linkage disequilibrium, LD) 상태에서의 태깅(tagging) 변이에 의해 탐지되는 경우의 문제를 추가로 탐구한다. 분석 결과, 혼합집단 유전체로부터 얻은 특정 유전 구간은 동일한 조상(ancestry)에 대한 단일 대륙(single-continental) 대응 집단에서의 구간과는 구별되는 LD 패턴을 보일 수 있음을 보여준다. 결론: 고전적 혼합 모형은 GWAS 검정력 예측에는 성공하지만, 문헌에서 널리 사용되는 그 확장 버전은 시뮬레이션과 실제 데이터에서 관찰되는 LD 패턴을 설명하는 데에는 미흡하여, 혼합집단 유전체의 LD에 대한 개선된 모형이 필요함을 시사한다.
https://doi.org/10.1186/s13059-025-03672-w
Linkage disequilibrium
Genome-wide association study
Biology
Genetic association
Genetic architecture
Population
Genetics
Evolutionary biology
Disequilibrium
Linkage (software)
2
article
|
인용수 0
·
2025
BIGFAM - variance components analysis from relatives without genotype
Jaeeun Jerry Lee, Buhm Han
IF 15.7 (2025)
Nature Communications
유전가능성에 대해서는 0.85, X 염색체 구성요소에 대해서는 0.64이다. 우리는 식이 관련 표현형에서 핵가족 특이적 강한 공유 환경 효과를 확인하였다. 이러한 결과는 유전 자료가 필요 없이 다양한 집단에 걸쳐 분산 구성요소를 분석하기 위한 새로운 접근법을 확립한다.
https://doi.org/10.1038/s41467-025-60502-0
Heritability
Variance (accounting)
Variance components
Genotype
Biobank
Biology
Phenotype
Correlation
Explained variation
Genetics
3
article
|
인용수 6
·
2022
FastRNA: An efficient solution for PCA of single-cell RNA-sequencing data based on a batch-accounting count model
Hanbin Lee, Buhm Han
IF 9.8 (2022)
The American Journal of Human Genetics
https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2022.09.008
Count data
Normalization (sociology)
Principal component analysis
Computer science
Residual
Embedding
Statistics
Mathematics
Algorithm
Artificial intelligence
최신 정부 과제
18
과제 전체보기
1
2025년 2월-2030년 2월
|186,827,000
전 세계 100만 연구자들이 활용할 Spline-AI 기반 공간전사체 분석 소프트웨어 SENNA 개발
본 과제의 최종목표는 공간전사체 분석의 리딩 소프트웨어(leading-software), SENNA를 개발하는 것임. 생물정보학에서 전 세계 모든 사람이 쓰는 소프트웨어가 있다면 세계적인 성과이고 과학계에 큰 영향을 미치는 것이라 할 수 있음. 단일세포전사체의 Seurat(슈라)가 그 예임 (200만 다운로드). 공간전사체에서는 이러한 선두주자가 현재 없음...
공간전사체
스플라인곡선
인공지능
공간전사유전자
단일세포전사체
2
2022년 2월-2025년 2월
|134,035,000
단일세포전사체 데이터에서 핵심 차등발현 유전자를 발굴하는 MarcoPolo 알고리즘 개발
본 연구과제의 최종적인 목표는 단일세포 전사체 데이터에서 핵심 차등발현 유전자를 발굴하는 알고리즘, MarcoPolo를 개발하는 것임. 현재 존재하는 차등발현 유전자 발굴 알고리즘은 모두 클러스터링 결과에 의존적이라는 문제가 있음. 이러한 문제를 극복하는 알고리즘으로 마커를 발굴하는 알고리즘 MarcoPolo를 개발하여, 단일세포 전사체 데이터를 객관적으로...
단일세포전사체
차등발현유전자
마커유전자
클러스터링
네트워크
알고리즘
3
주관|
2022년 2월-2025년 2월
|148,927,000
단일세포전사체 데이터에서 핵심 차등발현 유전자를 발굴하는 MarcoPolo 알고리즘 개발
- 1년차: MarcoPolo의 방법론 구현 ▷ 쌍봉분포(bimodal distribution)를 활용한 비모수통계량 개발 ▷ 유전자간 연관성(correlation)을 활용한 비모수 통계량 개발 ▷ 주성분 공간상 분산을 활용한 비모수 통계량 개발 ▷ 세 가지 비모수통계량을 합친 MarcoPolo 프로토타입 개발 - 2년차: MarcoPolo 방법론의 실제 scRNA 데이터 적용 및 기존 방법론과의 비교 ▷ 줄기세포 데이터에 MarcoPolo를 적용 (Koh et al.) ▷ 혈액 데이터에 MarcoPolo를 적용 (Zheng et al.) ▷ 간 데이터에 MarcoPolo를 적용 (MacParland et al.) ▷ 타뷸라뮤리스 컨소시엄 데이터에 MarcoPolo를 적용 ▷ 기존 경쟁방법론과의 비교 - 3년차: MarcoPolo를 활용한 네트워크 주성분 분석법 (MarcoPCA)의 개발 ▷ 네트워크 주성분 분석법 MarcoPCA의 개발 ▷ 3종 이상의 scRNA 데이터에서 MarcoPCA 적용 ▷ 기존 경쟁방법론과의 비교 ▷ MarcoPolo, MarcoPCA 소프트웨어 최적화 및 공개
단일세포전사체
차등발현유전자
마커유전자
클러스터링
네트워크
알고리즘
최신 특허
특허 전체보기
상태출원연도과제명출원번호상세정보
공개2022단일 세포 RNA 시퀀싱 데이터의 분석 방법 및 장치1020220134189
등록2020NGS 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법 및 장치1020200061499
소멸2019SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법1020190179474
전체 특허

단일 세포 RNA 시퀀싱 데이터의 분석 방법 및 장치

상태
공개
출원연도
2022
출원번호
1020220134189

NGS 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법 및 장치

상태
등록
출원연도
2020
출원번호
1020200061499

SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법

상태
소멸
출원연도
2019
출원번호
1020190179474

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