서론: CLDN18 유전자는 claudin 18.1 및 claudin 18.2를 암호화하며, 위선암종(Stomach Adenocarcinoma, STAD)에서 중요한 세포 간 통로(paracellular) 장벽을 형성하는 상피세포의 치밀연접(tight junction) 가닥의 핵심 구성요소이다. 방법: 본 연구에는 입증된 STAD 환자 1,095명이 포함되었으며, The Cancer Genome Atlas(TCGA) 코호트 415명 및 Gene Expression Omnibus 데이터베이스 680명이었다. 우리는 CLDN18 발현 수준을 기반으로 암 진행과 관련된 생존, 면역세포, 유전자 및 유전자 세트의 평가를 위해 유전자 세트 농축 분석(gene set enrichment analysis), 경로 분석(pathway analysis), 그리고 in vitro 약물 스크리닝을 포함한 다양한 분석을 적용하였다. 생존에 대한 CLDN18의 영향을 평가하고 생존 예측 모델을 개발하기 위해 그라디언트 부스팅 머신러닝(학습 70%, 검증 15%, 시험 15%)을 사용하였다. 결과: CLDN18 발현이 높은 경우 림프구가 빈약한 STAD에서 더 나쁜 생존과 상관관계를 보였으며, 이는 보조 T 세포의 감소, 대사 관련 유전자의 변화, 낮은 괴사 관련 유전자 발현, 그리고 종양 증식의 증가와 함께 나타났다. CLDN18 발현은 위, 유방, 난소 및 식도에 관한 다양한 암과 연관된 유전자 세트들과의 연관성을 보였고, 경로 분석에서는 CLDN18이 면역과 관련됨이 확인되었다. 기계학습 모델에서 CLDN18 발현을 포함하면 생존 예측이 향상되었다. 특히, nutlin-3a 및 niraparib은 약물 스크리닝에서 CLDN18 고발현 위암 세포를 효과적으로 억제하였다. 결론: 본 연구는 STAD에서 CLDN18 기반 생물정보학 및 기계학습 분석의 생물학적 역할에 대한 포괄적 이해를 제공하며, 예후적 중요성과 잠재적 치료적 함의를 조명한다. CLDN18의 분자적 복잡성을 완전히 규명하기 위해서는, 특히 in vitro 및 in vivo 연구를 통해 추가적인 조사가 필요하다.

배경: Wnt/β-catenin 경로는 교모세포종의 종양형성과 교종 줄기세포의 유지에 중요한 역할을 한다. 본 연구는 Cancer Genome Atlas (TCGA) 데이터베이스를 사용하여, Wnt/β-catenin 경로에 관여하며 2등급 및 3등급 교종 환자의 사망 및 질병 진행과 관련된 유의한 유전자를 평가하고자 하였다. 방법: 우리는 TCGA 데이터베이스에서 2등급 및 3등급 교종 환자 515명의 임상병리학적 정보와 mRNA 발현 데이터를 확보하였다. 다변량 Cox 회귀분석을 수행하여 교종 예후와 독립적으로 연관된 유전자를 확인하였다. 결과: Wnt/β-catenin 신호전달에 관여하는 34개 유전자를 분석한 결과, Wnt/β-catenin 경로와 관련된 4개 유전자(CER1, FRAT1, FSTL1, RPSA)가 2등급 및 3등급 교종 환자에서 사망 및 질병 진행과 유의하게 연관됨을 확인하였다. 또한 상기 Wnt/β-catenin 경로의 네 가지 유전자와 관련된 추가 유전자들도 확인하였다. BMP2, RPL18A, RPL19 및 RPS12의 발현이 더 높은 경우 교종 환자에서 더 나은 예후와 연관되어 있었다. 결론: 대규모 공개 데이터베이스를 활용하여, 2등급 및 3등급 교종 환자에서 사망 및 질병 진행과 관련된 Wnt/β-catenin 신호전달 경로의 유의한 유전자들을 확인하였다.

배경: 교모세포종(GBM, glioblastoma multiforme)은 공격적인 양상의 악성 원발성 뇌종양이다. Wnt/β-catenin은 GBM의 줄기성(stemness)과 관련이 있는 것으로 알려져 있다. 암 줄기세포는 GBM에서 면역억제 및 치료 저항성을 유발한다. 우리는 면역억제와 관련된 Wnt/β-catenin 연관 유전자가 GBM 환자의 예후와 관련될 수 있다고 가정하였다. 방법: 우리는 뇌암 유전자 데이터베이스(brain cancer gene database)로부터 GBM 환자 525명의 임상병리학적 자료를 확보하였다. 종양 침윤 면역세포의 비율은 in silico 유세포 분석(in silico flow cytometry)으로 평가하였다. Wnt/β-catenin 경로의 유전자 세트 중 기계학습을 통해 면역억제 반응과 관련된 Dickkopf-3(DKK3) 유전자를 확인하였다. 우리는 Dickkopf-3(DKK3) 발현에 기반하여 유전자 세트 농축 분석(GSEA), 네트워크 기반 분석, 생존 분석 및 in vitro 약물 스크리닝 분석을 수행하였다. 결과: Wnt/β-catenin 신호와 관련된 31개 유전자의 분석에서, 높은 DKK3 발현은 GBM 환자에서 항종양 면역의 증가와 음의 상관관계를 보였으며, 특히 CD8+ 및 CD4+ T 세포에서 이러한 경향이 두드러졌다. 높은 DKK3 발현은 GBM 환자에서 불량한 생존 및 질병 진행과 연관되었다. 경로 기반 네트워크 분석에서 DKK3는 종양 억제 유전자(tumor suppressor gene)인 THY1 유전자와 직접적으로 연결되어 있었다. in vitro 약물 스크리닝을 통해, 우리는 DKK3 발현이 높은 GBM 세포주에 대해 강력한 활성을 보이는 약제로 navitoclax를 확인하였다. 결론: 이러한 결과는 높은 DKK3 발현이 GBM에서 치료 표적이 될 수 있음을 시사한다. 본 연구의 결과는 GBM을 위한 향후 실험 연구 및 약물 개발 프로그램의 설계에 기여할 수 있을 것이다.

서론: CLDN18 유전자는 claudin 18.1 및 claudin 18.2를 암호화하며, 위선암종(Stomach Adenocarcinoma, STAD)에서 중요한 세포 간 통로(paracellular) 장벽을 형성하는 상피세포의 치밀연접(tight junction) 가닥의 핵심 구성요소이다. 방법: 본 연구에는 입증된 STAD 환자 1,095명이 포함되었으며, The Cancer Genome Atlas(TCGA) 코호트 415명 및 Gene Expression Omnibus 데이터베이스 680명이었다. 우리는 CLDN18 발현 수준을 기반으로 암 진행과 관련된 생존, 면역세포, 유전자 및 유전자 세트의 평가를 위해 유전자 세트 농축 분석(gene set enrichment analysis), 경로 분석(pathway analysis), 그리고 in vitro 약물 스크리닝을 포함한 다양한 분석을 적용하였다. 생존에 대한 CLDN18의 영향을 평가하고 생존 예측 모델을 개발하기 위해 그라디언트 부스팅 머신러닝(학습 70%, 검증 15%, 시험 15%)을 사용하였다. 결과: CLDN18 발현이 높은 경우 림프구가 빈약한 STAD에서 더 나쁜 생존과 상관관계를 보였으며, 이는 보조 T 세포의 감소, 대사 관련 유전자의 변화, 낮은 괴사 관련 유전자 발현, 그리고 종양 증식의 증가와 함께 나타났다. CLDN18 발현은 위, 유방, 난소 및 식도에 관한 다양한 암과 연관된 유전자 세트들과의 연관성을 보였고, 경로 분석에서는 CLDN18이 면역과 관련됨이 확인되었다. 기계학습 모델에서 CLDN18 발현을 포함하면 생존 예측이 향상되었다. 특히, nutlin-3a 및 niraparib은 약물 스크리닝에서 CLDN18 고발현 위암 세포를 효과적으로 억제하였다. 결론: 본 연구는 STAD에서 CLDN18 기반 생물정보학 및 기계학습 분석의 생물학적 역할에 대한 포괄적 이해를 제공하며, 예후적 중요성과 잠재적 치료적 함의를 조명한다. CLDN18의 분자적 복잡성을 완전히 규명하기 위해서는, 특히 in vitro 및 in vivo 연구를 통해 추가적인 조사가 필요하다.

배경: Wnt/β-catenin 경로는 교모세포종의 종양형성과 교종 줄기세포의 유지에 중요한 역할을 한다. 본 연구는 Cancer Genome Atlas (TCGA) 데이터베이스를 사용하여, Wnt/β-catenin 경로에 관여하며 2등급 및 3등급 교종 환자의 사망 및 질병 진행과 관련된 유의한 유전자를 평가하고자 하였다. 방법: 우리는 TCGA 데이터베이스에서 2등급 및 3등급 교종 환자 515명의 임상병리학적 정보와 mRNA 발현 데이터를 확보하였다. 다변량 Cox 회귀분석을 수행하여 교종 예후와 독립적으로 연관된 유전자를 확인하였다. 결과: Wnt/β-catenin 신호전달에 관여하는 34개 유전자를 분석한 결과, Wnt/β-catenin 경로와 관련된 4개 유전자(CER1, FRAT1, FSTL1, RPSA)가 2등급 및 3등급 교종 환자에서 사망 및 질병 진행과 유의하게 연관됨을 확인하였다. 또한 상기 Wnt/β-catenin 경로의 네 가지 유전자와 관련된 추가 유전자들도 확인하였다. BMP2, RPL18A, RPL19 및 RPS12의 발현이 더 높은 경우 교종 환자에서 더 나은 예후와 연관되어 있었다. 결론: 대규모 공개 데이터베이스를 활용하여, 2등급 및 3등급 교종 환자에서 사망 및 질병 진행과 관련된 Wnt/β-catenin 신호전달 경로의 유의한 유전자들을 확인하였다.

배경: 교모세포종(GBM, glioblastoma multiforme)은 공격적인 양상의 악성 원발성 뇌종양이다. Wnt/β-catenin은 GBM의 줄기성(stemness)과 관련이 있는 것으로 알려져 있다. 암 줄기세포는 GBM에서 면역억제 및 치료 저항성을 유발한다. 우리는 면역억제와 관련된 Wnt/β-catenin 연관 유전자가 GBM 환자의 예후와 관련될 수 있다고 가정하였다. 방법: 우리는 뇌암 유전자 데이터베이스(brain cancer gene database)로부터 GBM 환자 525명의 임상병리학적 자료를 확보하였다. 종양 침윤 면역세포의 비율은 in silico 유세포 분석(in silico flow cytometry)으로 평가하였다. Wnt/β-catenin 경로의 유전자 세트 중 기계학습을 통해 면역억제 반응과 관련된 Dickkopf-3(DKK3) 유전자를 확인하였다. 우리는 Dickkopf-3(DKK3) 발현에 기반하여 유전자 세트 농축 분석(GSEA), 네트워크 기반 분석, 생존 분석 및 in vitro 약물 스크리닝 분석을 수행하였다. 결과: Wnt/β-catenin 신호와 관련된 31개 유전자의 분석에서, 높은 DKK3 발현은 GBM 환자에서 항종양 면역의 증가와 음의 상관관계를 보였으며, 특히 CD8+ 및 CD4+ T 세포에서 이러한 경향이 두드러졌다. 높은 DKK3 발현은 GBM 환자에서 불량한 생존 및 질병 진행과 연관되었다. 경로 기반 네트워크 분석에서 DKK3는 종양 억제 유전자(tumor suppressor gene)인 THY1 유전자와 직접적으로 연결되어 있었다. in vitro 약물 스크리닝을 통해, 우리는 DKK3 발현이 높은 GBM 세포주에 대해 강력한 활성을 보이는 약제로 navitoclax를 확인하였다. 결론: 이러한 결과는 높은 DKK3 발현이 GBM에서 치료 표적이 될 수 있음을 시사한다. 본 연구의 결과는 GBM을 위한 향후 실험 연구 및 약물 개발 프로그램의 설계에 기여할 수 있을 것이다.

유전자 세트 풍부도 분석. 다변량 콕스 회귀 분석을 GBM 환자에서 각 종양유전자 신호전달 경로에 대해 사망률 및 질병 진행과 유의하게 연관된 모든 유전자에 대해 수행하였다. 우리는 10개의 종양유전자 신호전달 경로에서 사망률 및 질병 진행과 유의하게 관련된 12개의 독립 유전자를 확인하였다. 이 12개의 유의한 유전자가 암에서 수행하는 역할을 고려할 때, GBM의 예후에 영향을 미칠 수 있는 가능한 기전을 제안한다. 또한 GBM의 불량한 예후와 유의하게 연관된 6개 유전자의 발현이 GBM 조직에서 CD8+ T 세포와 음의 상관관계를 보이는 것을 관찰하였다. 대규모 공개 데이터베이스를 활용하여, GBM 환자에서 사망률 및 질병 진행과 유의하게 연관된 10개의 잘 알려진 종양유전자 표준(canonical) 경로에 속하는 12개 유전자를 확인하였다. 본 연구의 결과는 향후 GBM의 병태생리학적 기전을 더 잘 이해하는 데 기여할 것으로 기대한다.

배경: 교모세포종(glioblastoma, GBM)은 현재의 치료 양식에도 불구하고 예후가 불량한 가장 공격적인 뇌종양 중 하나이다. 본 연구는 고발현이 역설적으로 불량한 생존과 향상된 면역 활성 모두와 연관되는 유전자를 규명하여, 병용 화학요법 및 면역요법 전략의 잠재적 표적을 찾고자 하였다. 방법: 중추신경계 World Health Organization(WHO) 4등급(2016 WHO 분류 기준) 교종 환자의 전사체 자료를 분석하였으며, The Cancer Genome Atlas(525례), Chinese Glioma Genome Atlas(250례), Genotype-Tissue Expression(1,152개의 정상 샘플) 데이터세트를 사용하였다. 우리는 초기 단계에서 12,041개 유전자를 선별하였고, 예후와 면역 활성의 역설적 연관을 보이는 유전자를 우선적으로 고려하였다. 핵심 유전자는 순위 통계(rank statistics), 기계학습 기반 생존 모델링, 및 경로 네트워크 분석을 통해 선정하였다. 추가적인 하위집단 검증은 2021 WHO 분류에 따라, 이소시트르산 탈수소효소(isocitrate dehydrogenase, IDH) 야생형(вildtype) GBM 사례만을 사용하여 수행하였다. 결과: 분석한 12,041개의 후보 유전자 중 인지질-4,5-비스인산 3-키나아제 촉매 소단위 감마(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma, PIK3CG), 단백질 키나아제 C 델타 타입(protein kinase C delta type, PRKCD), 및 삼부모티프 함유 단백질 22(tripartite motif-containing protein 22, TRIM22)가 핵심 바이오마커로 확인되었으며, 이들이

: 이 대규모의 전국 대표 코호트에서 건선은 이후 IBD의 위험 증가와 연관되었으며, 특히 UC에서 그러했다. 인과관계는 추론할 수 없지만, 이러한 결과는 건선 환자에서 가능한 위장관 동반질환을 고려하는 것의 중요성을 강조할 수 있다.

: 한국 성인의 경우, 단기간의 스타틴 사용(특히 지용성 제제)은 CRC의 유리한 예후와 연관되어 있었다. 그러나 관찰 연구 설계, 생활양식 자료의 부재, 그리고 장기간 지용성 스타틴 사용과 연관된 사망률 증가로 인해 인과적 해석에는 한계가 있다. 이러한 결과를 검증하고 개인맞춤형 예방 전략을 안내하기 위해 임상적으로 보강된 또는 전향적 데이터셋을 활용한 추가 연구가 필요하다.