주요 논문
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Review
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인용수 1
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2024Development of Yein-Early, a Unique Fruit-Color and Leaf-Shape Mutant of Citrus unshiu, and Its Specific Selection Marker
Jung-Gwon Ko, C.K. Eun, In-Jung Kim
IF 3 (2024)
Current Issues in Molecular Biology
여기에서는 이러한 품종들 중 하나인 Yein-early를 기술한다. Yein-early는 야생형(WT)에 비해 더 붉은 과피, 더 높은 경도, 그리고 더 높은 당 함량을 보인다. 또한 Yein-early 잎은 WT와 비교하여 독특한 표현형을 나타냈는데, 이는 더 긴 종축 길이, 더 짧은 횡축 길이, 더 강한 말림(curling), 그리고 더 긴 엽병 길이로 특징지어진다. Yein-early와 WT에 대한 전장 유전체 재시퀀싱(genome resequencing) 결과, 유의미한 단일염기다형성(single-nucleotide polymorphisms, SNPs)과 삽입/결실(insertions/deletions, InDels)이 확인되었다. 이러한 변이는 Yein-early에 특이적인 분자 마커를 규명하는 데 결정적이었다. 더 나아가, Yein-early에서의 동형접합 SNP(homozygous SNP)를 특이적으로 표적하는 대립유전자 특이적 PCR(allele-specific PCR) 마커를 개발하여, Yein-early를 WT 및 다른 감귤류(citrus) 품종과 구별할 수 있게 하였다. 본 연구는 과실의 색소 합성에 대한 이해에 기여하며, 감귤 육종 프로그램에서 새로운 Yein-early 품종을 선발하는 데 유용한 도구를 제공한다.
https://doi.org/10.3390/cimb46090628
Citrus unshiu
Biology
Indel
Genetics
Petiole (insect anatomy)
Single-nucleotide polymorphism
Mutant
Horticulture
INDEL Mutation
Sugar
2
Article
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인용수 1
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2024Characterization of a New Citrus Mutant Induced by Gamma Irradiation with a Unique Fruit Shape, Gwonje-Early, and Determination of Specific Selection Markers Using Allele-Specific PCR
Chang‐Ho Eun, Jung-Gwon Ko, In-Jung Kim
IF 4.1 (2024)
Plants
품종들 중에서, 이러한 돌연변이들 가운데 Gwonje-early는 타원형의 형태, 과실 상부의 돌출, 그리고 야생형(WT) 과실에 비해 큰 과실 크기를 보였다. 우리는 Gwonje-early의 외부/내부 형태학적 특성과 과실의 당/산 함량을 조사하였다. 또한, 전장(whole-genome) 재시퀀싱을 이용하여 Gwonje-early에서 전 게놈 단일염기다형성(single-nucleotide polymorphism, SNP)과 삽입/결실(insertion/deletion, InDel) 변이를 조사하였다. Gene Ontology 분석을 통한 기능 주석은 InDel이 SNP보다 더 흔하게 주석 처리됨을 확인하였다. Gwonje-early에 대한 특정 분자 표지자를 확인하기 위해, Gwonje-early 게놈 재시퀀싱에서 탐지된 동형접합(homozygous) SNP를 사용하여 대립유전자 특이적 PCR을 수행하였다. GJ-SNP1 및 GJ-SNP4 프라이머 세트는 Gwonje-early를 WT 및 기타 상업적 감귤 품종들과 효과적으로 구별할 수 있었으며, 이는 Gwonje-early의 특이적 분자 표지자로서의 활용 가능성을 보여주었다. 이러한 결과는 또한 지적재산권 및 Gwonje-early의 품종 보호 측면에서 중요한 함의를 갖는다. 본 연구 결과는 감귤 종의 형태학적 형질과 분자 육종 메커니즘을 이해하는 데 통찰을 제공할 수 있을 것으로 기대된다.
https://doi.org/10.3390/plants13060911
Indel
Biology
Genetics
Single-nucleotide polymorphism
Genome
Citrus unshiu
Mutant
Cleaved amplified polymorphic sequence
Gene
INDEL Mutation
3
Article
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인용수 7
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2024Comparative analysis of stomatal pore instance segmentation: Mask R-CNN vs. YOLOv8 on Phenomics Stomatal dataset
Thanh Tuan Thai, Ki-Bon Ku, Anh Tuan Le, San Su Min Oh, Ngo Hoang Phan, In-Jung Kim, Yong Suk Chung
IF 4.8 (2024)
Frontiers in Plant Science
본 연구는 기공공(스토마타) 공극 분석을 대상으로, 두 가지 최신 인스턴스 분할 방법인 Mask R-CNN과 YOLOv8 간의 엄밀한 비교 분석을 수행한다. 기공공 인스턴스 분할에 특화된 새로운 데이터셋인 PhenomicsStomata를 도입하였다. 해당 데이터셋은 낮은 해상도와 영상의 불완전성 등과 같은 도전 과제를 제시하였으며, 이에 따라 Lucy-Richardson 알고리즘을 활용한 영상 향상 등 고도화된 전처리 기법을 적용하였다. 모델은 정확도, 정밀도, 재현율을 핵심 지표로 하여 종합적으로 평가되었다. 특히 YOLOv8은 Mask R-CNN에 비해 우수한 성능을 보였으며, 특히 기공공의 치수를 정확히 산출하는 데에서 더 뛰어났다. 또한 본 비교 연구를 넘어, 본 연구 결과의 함의는 다양한 생물학적 연구 전반에 걸쳐 확장되며 식물 생리학에 대한 이해를 발전시키는 견고한 기반을 제공한다. 더불어 전처리 향상은 영상 분석 기법을 정교화하는 데 유용한 통찰을 제공함과 동시에 과학 분야에서의 더 넓은 적용 가능성을 보여준다. 본 연구는 식물 구조의 복잡성을 해명하는 데 있어 중요한 진전을 이루며, 과학 연구에서의 이론적 통찰과 실질적 응용 모두를 제공한다.
https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1414849
Phenomics
Computer science
Preprocessor
Segmentation
Artificial intelligence
Convolutional neural network
Pattern recognition (psychology)
Machine learning
Biology
4
Article
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인용수 7
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2023Identification of Late Ripening Citrus Mutant, Ara-unshiu (Citrus unshiu), and Its Selectable Marker
Ji-Man Heo, Chang‐Ho Eun, In-Jung Kim
IF 4 (2023)
Plants
대조군의 야생형(control)과 다른 감귤류 품종으로부터. 우리의 결과는 과실 성숙의 시기 조절을 통제하는 기전에 대한 통찰을 제공하며, 감귤류 품종의 분자 육종을 위한 도구를 제공한다.
https://doi.org/10.3390/plants12193355
Citrus unshiu
Indel
Biology
Genetics
Ripening
Single-nucleotide polymorphism
Mutant
Gene
Horticulture
Botany
5
Article
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인용수 8
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2022The Citrus Mutant Jedae-unshiu Induced by Gamma Irradiation Exhibits a Unique Fruit Shape and Increased Flavonoid Content
Chang‐Ho Eun, In-Jung Kim
IF 4.5 (2022)
Plants
과실의 독특한 형태로 인해 관상적 가치의 잠재력뿐만 아니라 다량의 플라보노이드를 함유하는 우수한 저장 품종으로서의 개발 가능성이 높다.
https://doi.org/10.3390/plants11101337
Citrus unshiu
Horticulture
Flesh
Botany
Chemistry
Biology