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Molecular Diagnosis Engineering Laboratory
Division/Department of Biotechnology 정철희 교수
분자진단공학 (Molecular diagnostic engineering)
등온 핵산 증폭 (Isothermal nucleic acid amplification)
단일염기변이 검출 (SNV discrimination)
기본 정보
연구 분야
프로젝트
논문
구성원

Molecular Diagnosis Engineering Laboratory

Division/Department of Biotechnology 정철희 교수

고려대학교 생명공학부의 정철희 교수 연구실(Jung Group)은 핵산 분자진단공학을 중심으로 혁신적인 진단 기술을 개발하고 있습니다. 이 연구실은 압타머 발굴 기술, 고감도 NGS 전처리 기술, 등온 증폭법(isothermal amplification), 단일염기변이(SNV)의 고정밀 검출 기술, CRISPR-Cas 시스템의 특이성 및 활성 향상, DNA 나노기계 및 고처리량 분석 플랫폼 기술 연구를 수행하며, 분자 진단 및 바이오센서 분야에 획기적인 성과를 이루고 있습니다. 특히 고감도 NGS 전처리 기술과 신규한 등온증폭 기술을 개발하여 학계와 산업 현장에서 주목받고 있으며, 다수의 특허 등록을 통해 해당 기술의 상용화 가능성도 확보하고 있습니다. 정철희 교수는 분자진단공학 분야에서 국제적인 연구 역량을 인정받고 있으며, 활발한 논문 발표와 연구실 운영을 통해 학생들의 연구 역량과 전문성 강화를 돕고 있습니다.

분자진단공학 (Molecular diagnostic engineering)등온 핵산 증폭 (Isothermal nucleic acid amplification)단일염기변이 검출 (SNV discrimination)크리스퍼‑Cas 시스템 특이성 및 활성 최적화 (CRISPR‑Cas specificity & activity engineering)스트랜드 디스플레이스먼트 기반 qPCR (Strand‑displacement based fast qPCR)
대표 연구 분야
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자가접힘 등온증폭 및 qPCR 기반 고신속 분자진단 플랫폼 연구 thumbnail
자가접힘 등온증폭 및 qPCR 기반 고신속 분자진단 플랫폼 연구
Rapid molecular diagnostics based on self-folding isothermal amplification and qPCR
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연구 성과 추이
표시된 성과는 수집된 데이터 기준으로 산출되며, 일부 차이가 있을 수 있습니다.

5개년 연도별 논문 게재 수

31총합

5개년 연도별 피인용 수

595총합
주요 논문
3
논문 전체보기
1
article
|
인용수 23
·
2024
Highly efficient CRISPR-mediated genome editing through microfluidic droplet cell mechanoporation
You-Jeong Kim, Dayoung Yun, Jungjoon K. Lee, Cheulhee Jung, Aram J. Chung
IF 15.7 (2024)
Nature Communications
클러스터드 정규 간격 반복서열(clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR) 기반 편집 도구는 유전체 편집 분야의 지형을 변화시켰다. 그러나 견고하고 안전한 CRISPR 전달 방법의 부재는 치료 적용에서의 잠재력을 계속 제한하고 있다. 이러한 문제를 해결하고자 다양한 방법론이 등장했음에도 불구하고, 효율성과 편집 과정에 관한 문제는 여전히 지속되고 있다. 우리는 고효율이면서도 안전한 유전체 편집을 위해 droplet cell pincher (DCP)라는 마이크로플루이딕(microfluidic) 유전자 전달 시스템을 도입한다. 이 접근법은 액적 마이크로플루이딕스와 세포 기계천공(mechanoporation)을 결합하여, 미세 스케일 수축(microscale constriction)을 통해 세포와 CRISPR 시스템을 캡슐화하고 제어된 통과를 가능하게 한다. 통과 시 세포막과 핵막에서 형성되는 불연속성은 CRISPR 시스템의 핵 내 신속한 내부화를 촉진한다. 우리는 이 플랫폼을 사용하여 mRNA(약 98%) 및 플라스미드 DNA(약 91%)를 포함한 다양한 고분자량 물질의 성공적인 전달을 입증하였으며, 이를 통해 DCP의 활용성을 강조하고 CRISPR-Cas9 전달을 통한 성공적인 유전체 공학을 달성할 수 있음을 보여준다. 본 플랫폼은 현재의 표준(state-of-the-art) 방법인 전기천공(electroporation)과 비교하여 세 가지 핵심 영역에서 우수한 성능을 보인다: 단일 노크아웃(single knockout, 약 6.5배), 이중 노크아웃(double knockout, 약 3.8배), 그리고 노크인(knock-in, 약 3.8배). 이러한 결과는 임상 및 생물학적 세포 기반 연구에 대한 함의를 지니는 CRISPR 공학의 차세대 도구로서 우리의 플랫폼의 잠재력을 부각한다.
https://doi.org/10.1038/s41467-024-52493-1
CRISPR
Genome editing
Cas9
Electroporation
Genome engineering
Microfluidics
Computational biology
Synthetic biology
Computer science
Nanotechnology
2
article
|
·
인용수 1
·
2022
Massively Parallel Selection of NanoCluster Beacons (Adv. Mater. 41/2022)
Kuo Yuan, Cheulhee Jung, Yu‐An Chen, Hung‐Che Kuo, Oliver Zhao, Trung D. Nguyen, James R. Rybarski, Soonwoo Hong, Yuan‐I Chen, Dennis Wylie, John A. Hawkins, Jada N. Walker, Samuel W. J. Shields, Jennifer S. Brodbelt, Jeffrey T. Petty, Ilya J. Finkelstein, Hsin‐Chih Yeh
IF 29.4 (2022)
Advanced Materials
차세대 염기서열분석(Next-generation sequencing) 칩을 재활용함으로써 한 번의 실험에서 수백만 개의 형광 나노클러스터 비컨(NanoCluster Beacons, NCBs)을 스크리닝할 수 있다. 이러한 고처리량 스크리닝 플랫폼과 머신러닝 알고리즘을 결합하여, 논문 제2204957호에서 Hsin-Chih Yeh와 동료 연구자들은 실ico(in silico) 상에서 밝고 다색의 NCBs를 설계하기 위한 파이프라인을 구축한다.
https://doi.org/10.1002/adma.202270286
Beacon
Massively parallel
Pipeline (software)
Materials science
Throughput
Nanotechnology
In silico
Computer science
Nanomaterials
Fluorescence
3
article
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인용수 22
·
2022
Massively Parallel Selection of NanoCluster Beacons
Kuo Yuan, Cheulhee Jung, Yu‐An Chen, Hung‐Che Kuo, Oliver Zhao, Trung D. Nguyen, James R. Rybarski, Soonwoo Hong, Yuan‐I Chen, Dennis Wylie, John A. Hawkins, Jada N. Walker, Samuel W. J. Shields, Jennifer S. Brodbelt, Jeffrey T. Petty, Ilya J. Finkelstein, Hsin‐Chih Yeh
IF 29.4 (2022)
Advanced Materials
NanoCluster 비콘(NanoCluster Beacons, NCBs)은 근접한 DNA 가닥인 활성제(activator)에 의해 형광이 활성화되거나 조절될 수 있는 다색 은 나노클러스터 프로브이다. 두 활성제(active activators) 한 쌍에서 단일 뉴클레오타이드의 차이가 극적으로 다른 활성화 결과로 이어지는데, 이를 ‘정반대 쌍(polar opposite twins, POTs)’이라 한다. 그러나 기존의 저처리량 특성분석 접근법으로는 새로운 POT-NCB를 발견하기가 어렵다. 여기에서는 약 40,000개의 활성제 서열에 대한 활성화 형광을 스크리닝하기 위해 용도를 전환한 차세대 염기서열 분석 칩을 활용하는 고처리량 선택 방법이 보고된다. 길이가 18 뉴클레오타이드인 활성제에서 7-12 위치의 염기서열은 밝은 NCB를 형성하는 데 중요하며, 4-6 및 2-4 위치는 각각 노랑-주황과 레드 POT를 생성하기 위한 핫스팟(hotspots)임이 밝혀졌다. 이러한 발견에 기초하여, 이들 핫스팟이 서로 다른 은 클러스터 크로모포어(chromophores)의 형성을 어떻게 촉진하고 그에 따른 화학적 수율을 어떻게 변화시키는지를 설명할 수 있는 ‘지퍼-백(zipper-bag)’ 모델이 제안된다. 고처리량 스크리닝과 기계학습 알고리즘을 결합하여, 실ico(인 실리코, in silico)에서 밝고 다색의 NCB를 설계하기 위한 파이프라인이 구축되었다.
https://doi.org/10.1002/adma.202204957
Activator (genetics)
Massively parallel
Materials science
Molecular beacon
Fluorescence
Computer science
Throughput
DNA
Computational biology
Nanotechnology
최신 정부 과제
20
과제 전체보기
1
2022년 3월-2025년 12월
|1,200,000,000
하이브리드 인공지능기반 바이오회로 시험 및 최적화 기술개발
[총괄목표]레트로합성 세포공장 개발을 위한 하이브리드 인공지능기반 초고속 시험 및 최적화 기술을 개발하고 Lycopene과 Cannabigerolic acid (CBGA) 생합성 대사경로를 대상으로 검증.[세부목표]하이브리드 인공지능기반 대사회로의 무세포/세포공장에서의 성능예측/분석대량의 레트로 합성회로를 고속 데이터생산 및 시험을 위한 무세포 시스템 개발...
합성생물학
머신러닝
초고속 대용량 스크리닝
신호분석
데이터 생산기술
무세포 합성생물학
미생물 Chassis
2
주관|
2022년 3월-2023년 3월
|49,575,000
소화기암 바이오마커 발굴 및 절대정량 검출 Kit 개발
본 과제는 침·혈액 같은 시료로 소화기암을 절대정량 방식으로 진단하는 Kit을 개발하는 연구임. 목표는 소화기암에 특이적인 서열을 발굴하고, ddPCR·sequencing에 의존하던 고가 절대정량 기술을 일반 PCR 시스템으로 대체하는 Kit 제품화를 달성하는 데 있음. 핵심 내용은 소화기암 발생 특이 유전자 서열 발굴, primer 제작 및 평가, Kit화 및 가혹화 test 수행, IRB로 전임상·임상 절차 진행, 전임상 결과 반영한 Kit 수정 후 임상으로 제품화 수행임. 기대 효과는 일반 PCR 기반 저렴한 유전자 검사로 1·2차 병원에서도 정밀 진단 확장 가능함, 침·혈액 스크리닝으로 조기 진단 및 건강한 삶 기여함, 암 외 후생유전학적 질환 및 알츠하이머 등 연계 활용성 확보임.
소화기암
후생유전학
진단
3
주관|
2022년 3월-2025년 12월
|1,600,000,000
하이브리드 인공지능기반 바이오회로 시험 및 최적화 기술개발
하이브리드 인공지능기반 무세포/세포공장 성능예측/분석 Model-Guided Data-Driven Analysis (MODA) 기법으로 대사회로 성능 예측과 해석이 가능한 무세포/세포공장 모델 개발 무세포시스템 대사회로 성능을 기반으로 세포환경에서의 성능을 예측할 수 있는 모델 개발 DNA 서열로부터 단백질 생산량을 예측하는 인공지능 모델 개발 - 대사회로 구현을 위한 DNA 서열 역설계 기술 개발 대사경로 발현 무세포 시스템 개발 및 데이터 생산 - 레트로합성 대사회로 시험을 위한 대사회로 발현 기반 무세포 시스템 구축 - 무세포 시스템에서의 단백질 용해도 예측 인공지능 모델 개발 - 기계학습을 위한 무세포 합성생물학 기반 빅데이터 생산 - 무세포 시스템에서의 Lycopene/CBGA 생산 시스템 및 대사회로 고도화 초고속 바이오 센서개발 무세포 및 세포 시스템에서의 고속 테스트 구현을 위한 CBGA, OA, GPP 바이오센서 (aptamer, riboswitch) 개발 및 신호분석방법 개발 딥러닝 기반 CBGA 대사회로 및 OA 대사회로 병목현상 유도 효소의 활성 개량 (CBGA synthase 등) Chassis 개발 및 Lycopene/CBGA 세포공장 개발 유전체 동시 다중 편집기술기반 유전자 강제 발현 및 발현억제가 가능한 다중 유전자 발현 조절 기술을 확보 E. coli 대사회로 재설계를 위한 표적 스크리닝 기술 개발 및 terpenoid 전구체 고성능 chassis 개발 세포모델 개발 및 고도화를 위해 Lycopene/CBGA 대사회로가 도입된 E. coli에서의 오믹스 데이터 생산 Lycopene 및 CBGA 고성능 생산 세포공장 개발
합성생물학
머신러닝
초고속 대용량 스크리닝
신호분석
데이터 생산기술
무세포 합성생물학
미생물 Chassis
최신 특허
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상태출원연도과제명출원번호상세정보
거절2021신속한 핵산 검출을 위한 가닥 치환 기반의 정량중합효소 연쇄반응방법1020210136482
등록2020극소량의 희귀 단일 염기 변이체 검출용 프라이머 및 이를 이용하여 극소량의 희귀 단일 염기 변이체를 특이적이고 민감하게 검출하는 방법1020200174895
전체 특허

신속한 핵산 검출을 위한 가닥 치환 기반의 정량중합효소 연쇄반응방법

상태
거절
출원연도
2021
출원번호
1020210136482

극소량의 희귀 단일 염기 변이체 검출용 프라이머 및 이를 이용하여 극소량의 희귀 단일 염기 변이체를 특이적이고 민감하게 검출하는 방법

상태
등록
출원연도
2020
출원번호
1020200174895
연구실 하이라이트
연구실의 정보를 AI가 요약해서 키워드 중심으로 정리해두었어요
기술혁신
차세대 CRISPR 유전자 편집 효율 극대화 기술
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상용화성공
기술이전 완료, 암 조기진단을 위한 초정밀 분자진단 기술
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독창적기술
세계 유일, NGS 칩 기반 초고속 분자 상호작용 분석 플랫폼
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글로벌특허
Off-Target Zero에 도전하는 차세대 CRISPR 정밀 교정 기술
AI 요약 확인하기
미래기술
자율 구동 DNA 워커: 나노로봇 시대의 핵심 플랫폼 기술
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연구자역량
세계 최고 수준의 연구 역량: Cell, Nature 자매지 다수 게재
AI 요약 확인하기
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