주요 논문
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2025Protein Translocation Control in E. coli via Temperature-Dependent Aggregation: Application to a Conditionally Lethal Enzyme, Levansucrase
Young Kee Chae
IF 4.8 (2025)
Biomolecules
, 합성생물학, 대사 공학 및 생물학적 차단 시스템에서의 잠재적 응용 가능성이 있습니다.
https://doi.org/10.3390/biom15081199
Levansucrase
Secretion
Enzyme
Escherichia coli
Fusion protein
Signal peptide
Peptide
Biochemistry
Secretory protein
Synthetic biology
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인용수 2
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2024Aggregation-Dispersion Chromatography: Application of Elastin-like Polypeptides
Han Bin Shin, Young Kee Chae
IF 2.7 (2024)
Separations
단백질 정제는 약물 개발, 항체 제조, 구조 규명과 같은 다양한 하류 응용을 위한 핵심 단계이다. 보다 효율적이고 비용 효과적인 방법을 찾기 위한 지속적인 노력이 이루어지고 있다. 본 연구에서는 응집 핵(aggregation core)으로서 엘라스틴 유사 폴리펩타이드(ELP)를 사용하고, 이것이 크로마토그래피 컬럼의 비드(beads) 사이를 연결하는 고정(anchor) 역할을 하도록 하는 새로운 접근법을 제안한다. 이 방법에서는 [표적 단백질 유형] 융합 단백질을 포함한 냉각된 시료를 저염 완충액으로 평형화된 사전(前)평형 IMAC(immobilized metal affinity chromatography) 컬럼에 로딩한다. 이후 컬럼을 고염을 포함하는 따뜻한 완충액으로 세척하여 불순물을 제거한다. 여기서 핵심 단계는 ELP의 전이 온도(Tt)보다 컬럼을 가열하는 것으로, 이는 ELP의 응집을 유발한다. 이러한 응집은 비드 사이에 표적 단백질을 단단히 가두는 것으로 기대된다. 이어서 고염 및 고 이미다졸을 사용하는 가혹한 세척을 적용하여 지속적인 오염원까지 제거함으로써 고도의 단백질 순도를 달성할 수 있다. 마지막으로 온도를 낮추고 차가운 저염 완충액을 도입하여 응집을 역전시킨 뒤, 정제된 표적 단백질을 용출한다. 본 방법은 정교한 크로마토그래피 시스템의 필요성을 없애면서도 높은 단백질 순도를 달성할 가능성이 있다.
https://doi.org/10.3390/separations11120335
Chemistry
Chromatography
Elution
Salt (chemistry)
Affinity chromatography
Protein purification
Protein aggregation
Buffer (optical fiber)
Column chromatography
Biochemistry
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인용수 12
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2023Functional groups matter: metabolomics analysis of Escherichia coli exposed to trans-cinnamic acid and its derivatives unveils common and unique targets
Kadriye Aslıhan Onat-Taşdelen, Hatice Öztürkel-Kabakaş, Ecem Yüksektepe, Şükrü Serter Çatav, Gülnur Güzel, Bekir Çöl, Hakbeom Kim, Young Kee Chae, Emine Sonay Elgin
IF 4 (2023)
World Journal of Microbiology and Biotechnology
https://doi.org/10.1007/s11274-023-03841-8
Cinnamic acid
Chemistry
Escherichia coli
Ferulic acid
Biochemistry
Caffeic acid
Arginine
Putrescine
Amino acid
Antioxidant
4
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인용수 1
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2022Identification of interaction partners using protein aggregation and NMR spectroscopy
Young Kee Chae, Han Bin Shin, Tae Rin Woo
IF 3.7 (2022)
PLoS ONE
단백질 간의 상호작용은 생명체에서 정보 전달을 수행하는 가장 근본적인 방법 중 하나이다. 많은 방법들이 생체 내(in vivo) 또는 시험관 내(in vitro)에서 상호작용하는 쌍 또는 군을 규명하기 위해 개발되어 왔다. 시험관 내 pulldown/coprecipitation 분석은 표적에 결합하는 단백질을 직접적으로 관찰한다. 이 방법은 전기영동을 포함하는데, 전기영동은 해상도가 낮고 처리량 또한 낮은 기법이다. 더 나은 대안으로서, 우리는 NMR 분광학에 기반한 새로운 방법을 제안하고자 한다. 이 방법은 표적 단백질의 응집과, 그에 수반되는 상호작용 파트너의 신호 소실을 이용한다. 응집은 엘라스틴 유사 폴리펩타이드(elastin-like polypeptide)에 의해 수행되며, 이는 표적에 융합된다. 만약 어떤 단백질이 이러한 초분자 복합체(supramolecular complex)에 결합하면, NMR 신호가 관찰될 만큼 충분히 과도하게 broaden되어 신호가 나타나지 않게 되는데, 이는 NMR 분광학의 기본 현상이다. 따라서 신호를 잃는 단백질이 표적에 결합하는 단백질이다. 이러한 유형의 단백질 간 결합을 방해하는 화합물은, 화합물의 신호가 동시에 사라지면서 단백질 신호가 다시 나타나는 것을 관찰함으로써 확인할 수 있다. 본 기술은 정보 전달 경로에서의 상호작용 쌍뿐만 아니라 이를 교란하는 화합물을 찾기 위해 적용될 예정이다. 제안된 방법은 단백질 혼합물에서도 작동할 수 있으며, 더 높은 처리량 방식으로 결합 파트너를 규명하기 위한 더 높은 해상도를 제공할 수 있을 것이다.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0270058
Nuclear magnetic resonance spectroscopy
Biophysics
Chemistry
Protein–protein interaction
Spectroscopy
Biological system
Computational biology
Biochemistry
Biology
Stereochemistry
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인용수 11
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2022NMR metabolomics analysis ofEscherichia colicells treated with Turkish propolis water extract reveals nucleic acid metabolism as the major target
Emine Sonay Elgin, Şükrü Serter Çatav, Anara Babayeva, Hakbeom Kim, Esra Dibek, Bekir Çöl, Young Kee Chae, İbrahim Kıvrak
IF 4 (2022)
Journal of Applied Microbiology
목적: 프로폴리스는 수지성(樹脂性) 벌 제품으로, 수백 가지의 생물학적 활성 화합물을 포함한다. 프로폴리스의 항균 활성은 다수의 in vitro 연구에서 입증되었으나, 그 작용기전에 대해서는 상대적으로 덜 알려져 있다. 본 연구에서는 핵자기공명(NMR) 기반 대사체학 접근법을 사용하여 프로폴리스가 Escherichia coli BW25113에 대해 나타내는 항균 작용의 기전을 규명하고자 하였다.
방법: E. coli BW25113 세포를 터키산 프로폴리스 수추출물(propolis water extract, PWE)의 서로 다른 아(亞)치사 농도(0, 2, 4, 6 mg/mL)에 노출시켰다. 이후 500-MHz 1H NMR 분광법을 이용하여 E. coli 추출물의 대사 프로파일을 확인하였다.
결과: NMR 스펙트럼에서 총 52개의 대사체가 확인되었으며, 이는 아미노산 및 펩타이드, 퓨린, 지방산 등을 포함한 17개의 주요 범주에 속하였다. 이들 52개 대사체 중 12개는 대조 조건과 비교했을 때 모든 PWE 농도에서 두드러진 변화(P < .05)를 보였다. 또한 추가로 28개의 대사체 수준은 세 가지 PWE 처리 중 적어도 하나에서 유의하게 변화하였다. 부분최소제곱 판별분석(partial least squares discriminant analysis) 결과, 대조군과 프로폴리스 처리 세포 간에 명확한 분리가 관찰되었으며, putrescine, adenine, adenosine, guanosine, glucose, N6-acetyllysine, acetamide가 집단 분화에 가장 큰 영향을 미치는 것으로 나타났다. 마지막으로 정량적 경로 분석에서는 PWE 처리가 퓨린 대사에 유의한 영향을 미친다는 사실이 확인되었다.
결론: 본 연구 결과는 PWE가 핵산 대사를 광범위하게 변화시킴으로써 E. coli BW25113의 성장을 억제함을 시사한다. 아는 한, 본 연구는 프로폴리스에 대한 세균의 전반적 대사 반응을 평가한 최초의 연구이다.
https://doi.org/10.1093/jambio/lxac031
Propolis
Escherichia coli
Purine metabolism
Metabolomics
Chemistry
Biochemistry
Metabolism
Nucleic acid
Metabolic pathway
Nucleic acid metabolism