주요 논문
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2025High-Resolution Characterization of the Bacterial Microbiome in Chili Pepper Powder Using SMRT Sequencing
Hae‐Won Lee, Ji‐Hyoung Ha
IF 3.4 (2025)
Journal of Microbiology and Biotechnology
중국 시료의 바이오마커로서. 전반적으로 미생물 다양성은 약간 더 낮았음에도 불구하고, 한국 고춧가루 시료는 더 안정적인 미생물 군집 구조를 나타냈다. 안정적이고 통제된 미생물군집을 보이는 고춧가루의 선택은 김치의 위생적 생산과 미생물 안전성을 증진하는 데 핵심적인 역할을 할 수 있다.
https://doi.org/10.4014/jmb.2506.06003
Pepper
Chili pepper
Microbiome
Pyrosequencing
Microbial population biology
Bacteria
Ingredient
Illumina dye sequencing
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Article
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인용수 0
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2024Draft genome sequence of Bremerella cremea LHWP2 isolated from dead ark clam revealing potential nitrogen metabolism pathways
Jin-Hee Seo, Kyung June Yim, Jongbin Lim, Ji‐Yeon Chun, Hae‐Won Lee
IF 0.6 (2024)
Microbiology Resource Announcements
Planctomycetes-Verrucomicrobia-Chlamydiae 그룹의 주목할 만한 구성원인 LHWP2는 폐사한 참굴(ark clam)에서 분리되었다. 6,211,343-bp에 달하는 유전체에는 구아닌-시토신(GC) 함량 56.5%와 함께 5,304개의 코딩 유전자 서열이 포함되어 있다. 또한 초안 유전체 분석을 통해 잠재적인 질소 대사 경로가 관찰되었다.
https://doi.org/10.1128/mra.00974-24
Verrucomicrobia
Biology
Genome
Whole genome sequencing
Gene
Metabolic pathway
Genetics
Firmicutes
16S ribosomal RNA
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Article
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인용수 1
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2023Presence of an ultra-small microbiome in fermented cabbages
Hae‐Won Lee, So‐Ra Yoon, Yun-Mi Dang, Miran Kang, Kwang Ho Lee, Jihyung Ha, Jin‐Woo Bae
IF 2.3 (2023)
PeerJ
배경: . 이들은 높은 표면적-부피비를 가지며, 인체를 포함한 다양한 생태계에서 발견된다. UMB는 세포 수축을 통해 형성되는 유형과 작은 크기를 유지하는 유형의 두 가지로 분류될 수 있다. UMB를 포함할 수 있는 초소형 미생물군(USM)은 0.2 µm 미만의 모든 박테리아를 포함하며, 현재의 방법으로는 검출이 어렵다. 그러나 USM은 멸균 여과기를 통과할 수 있고 생존하나 배양이 불가능한 상태(viable but non-culturable, VBNC)에 존재할 수 있어 식품 위생에 잠재적 위협이 될 수 있다. 식품의 USM에 관한 데이터는 제한적이다. 일부 박테리아(병원성 종을 포함)는 가혹한 조건에서 UMB를 형성할 수 있어, 기존 배양 기반 기법으로는 검출이 어렵다. 방법: 본 연구는 세 개 국가(대한민국, 중국, 독일)에서 얻은 발효 양배추 시료에서 USM의 다양성을 탐색하는 데 초점을 맞추었다. 발효 양배추(김치, suancai, sauerkraut) 시료를 구매하여 여과 전 약 4 °C의 냉장 조건에서 보관하였다. 여과 과정은 서로 다른 기공 크기를 갖는 TFF 카트리지를 사용한 2단계 tangential flow filtration(TFF)를 수행하여 일반 크기의 박테리아(NM)와 USM을 분리하였다(0.2 µm 및 100 kDa). TFF를 통해 분리한 USM과 NM은 DNA 추출 전 4 °C에서 냉장 보관하였다. 이어서 추출한 DNA를 PCR로 증폭하고, 단일분자-실시간(single-molecule-real-time, SMRT) 염기서열 분석을 이용하여 16S rRNA 유전자의 full-length 서열을 시퀀싱하였다. 투과전자현미경(TEM)을 사용하여 발효 양배추 시료의 USM에 미생물이 존재함을 확인하였다. 결과: )가 검출되었다. 본 방법은 기존의 방법으로는 검출이 불가능한 USM의 존재 여부를 식품 재료에서 선별하는 데 활용될 수 있다. USM과 NM은 tangential flow filtration을 통해 효율적으로 분리되었고, 단일분자-실시간 시퀀싱으로 분석되었다. 발효 채소의 USM은 기존 미생물군과 비교하여 크기, 다양성 및 조성에서 차이를 보였다. 본 연구는 발효 식품, 특히 발효 양배추를 포함한 초소형 생태계에 대한 새로운 통찰을 제공할 수 있다.
https://doi.org/10.7717/peerj.15680
Microbiome
Gut microbiome
Biology
Computational biology
Bioinformatics
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인용수 10
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2022Metatranscriptomic and metataxonomic insights into the ultra-small microbiome of the Korean fermented vegetable, kimchi
Hae‐Won Lee, So‐Ra Yoon, Yun-Mi Dang, Ji‐Hyun Yun, Hoibin Jeong, Kil‐Nam Kim, Jin‐Woo Bae, Ji‐Hyoung Ha
IF 5.2 (2022)
Frontiers in Microbiology
(PMMoV). 또한 USM과 NM에서 메타타코노옴(metataxonome)과 메타전사체(metatranscriptome) 간의 상관관계를 추정하였다. 그러나 메타타코노옴과 메타전사체 간에는 제한된 상관관계만 추정되었다. 본 연구는 김치의 USM과 NM의 잠재적 대사 활동 간의 관계에 대한 통찰을 제공하였다.
https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.1026513
Biology
Fermentation
Akkermansia
Microbiology
Firmicutes
Microbiome
16S ribosomal RNA
Verrucomicrobia
Bacteria
Lactobacillus
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Article
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인용수 1
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2022Characterization of Kimchi by Ultra-Performance Liquid Chromatography (UPLC) and High-Resolution Mass Spectrometry (HR-MS) with Principal Component Analysis (PCA) and Partial Least Squares-Discriminant Analysis (PLS-DA)
Hae‐Won Lee, So‐Ra Yoon, Jung Hoon Choi, Geul Bang, Ji‐Hyoung Ha
IF 2 (2022)
Analytical Letters
김치의 지리적 기원은 해당 제품의 가격이 지리적 기원에 따라 상당한 차이를 보이기 때문에 소비자와 생산자 모두에게 관심의 대상이다. 따라서 우리나라에서 김치의 지리적 기원과 관련된 사회적 문제는 우려를 낳고 있다. 본 연구에서는 한국과 중국에서 유래한 9종의 김치를 분석하였으며, 각 시료는 1주 또는 4주 동안 발효하였다. 액체크로마토그래피-고해상도-질량분석기(liquid chromatography–high resolution–mass spectrometry, LC-HR-MS)를 이용한 김치의 질량분광 프로파일링에 관한 최초의 보고로서, 총 1552종의 스펙트럼 피크를 얻었다. 다변량 분석을 통해 발효 기간과 무관하게, 한국 및 중국 김치 시료의 질량분광 프로파일을 분석함으로써 김치의 지리적 기원을 구별할 수 있었다. 부분최소제곱(partial least squares, PLS) 분석의 변수중요도(variable importance in projection, VIP) 점수와 t-test의 p-값을 바탕으로, 바이오마커의 잠재력을 나타내는 25개의 스펙트럼 피크를 선별하였다. 따라서 LC-HR-MS는 서로 다른 기원을 가진 김치 시료를 명확하게 구별하는 강력한 도구이다. 본 연구는 다른 발효 채소에 대한 질량분광 프로파일링 분석의 기초를 제공한다.
https://doi.org/10.1080/00032719.2022.2053147
Chemistry
Partial least squares regression
Principal component analysis
Mass spectrometry
Linear discriminant analysis
Chromatography
Fermentation
High-performance liquid chromatography
Mass spectrum
Analytical Chemistry (journal)