엡스타인-바 바이러스(Epstein-Barr virus, EBV) 감염의 특징적인 바이러스 유전자 발현 양상은 EBV를 생산하는 마모셋 B세포(B95-8)와 EBV 관련 위암(SNU719) 세포주에서 구분된다. CCCTC 결합인자(CTCF)는 EBV 게놈에서 염색질 상호작용을 조율하는 구조적 염색질 인자이다. CTCF에 대해 염색질 면역침강(chromatin immunoprecipitation) 후 시퀀싱을 수행한 결과, B95-8 및 SNU719의 EBV 게놈에서 16개의 CTCF 결합 부위를 확인하였다. BamHI A right transcript(BART) miRNA 프로모터 상에 위치한 한 개의 CTCF 결합 부위(S13 좌위)의 생물학적 기능은 실험적으로 규명되었다. 마이크로스케일 열영동(microscale thermophoresis) 분석 결과, CTCF는 S13 좌위의 돌연변이 형태보다 안정 형태에 더 잘 결합함이 나타났다. EBV BART miRNA 클러스터는 22개의 miRNA를 암호화하며, 이들의 역할은 EBV 관련 암의 병인과 연관되어 있는 것으로 시사된다. B95-8의 EBV 게놈은 11.8-kb EcoRI C 절편을 결여하는 반면, SNU719의 EBV 게놈은 전장형(full-length)이다. ChIP-PCR 분석에서는 CTCF, RNA polymerase II, H3K4me3 히스톤 및 H3K9me3 히스톤이 S13 및 S16(167-kb) 좌위에서 B95-8의 EBV 게놈에서 SNU719의 EBV 게놈보다 더 높은 수준으로 풍부하게 존재함이 확인되었다. B95-8 및 SNU719 세포를 이용한 4C-Seq와 3C-PCR 분석은 S13 좌위가 두 EBV 게놈 모두에서 3-kb 및 167-kb 영역을 포함한 전반적인 EBV 게놈 좌위와 연관되어 있음을 보여주었다. 우리는 11.8-kb BART 전사유닛(BART(+/-)) 유무에 관계없이, bacmid에서 S13 좌위를 변이시키고자 하였다. S13 변이는 BART miRNA 발현을 증가시키고, EcoRI C 절편의 존재 하에서 EBV 잠복을 약화시키며, EBV 감염성(infectivity)을 감소시켰다. 또한 4종의 BART(+/-)·S13(wild-type(Wt)/mutant(Mt)) HEK293-EBV 세포를 사용한 또 다른 3C-PCR 분석에서는 S13 변이가 EBV 게놈에서 167-kb 영역과 3-kb 간의 DNA 연관을 감소시키는 것으로 나타났다. 이러한 결과를 바탕으로, S13 좌위에 11.8-kb EcoRI C 절편과 함께 결합한 CTCF가 EBV의 3차원 DNA 고리(3-dimensional DNA loop)를 형성하여 EBV BART miRNA 발현 및 감염성을 조율하는 것으로 제안된다.