이소잔존질환(MRD)의 검출은 암 치료 후 재발을 예방하고 환자 예후를 개선하는 데 매우 중요하다. 그러나 기존의 MRD 검출 방법은 정밀한 모니터링에 필요한 충분한 감도를 갖추지 못하는 경우가 많다. 우리는 개인별 특성을 반영한 무세포 DNA(cfDNA)의 전장유전체서열분석(WGS) 기반 분석을 통해 MRD를 검출하는 고감도 방법을 개발하였다. 본 접근은 환자의 종양 WGS에서 여러 변이 콜러가 일관되게 검출하는 합의(consensus) 단일염기변이(SNV)와 융합을 식별하는 것에서 시작한다. 새로운 알고리즘을 사용하여 합의 SNV 위치에서 지지(read)되는 양을 정량화하고, 환자 혈장 WGS에서의 오류 분포에 기반하여 그 통계적 유의성을 평가한다. 또한 혈장 WGS에서 합의 융합 위치에 해당하는 고유 서열을 검출함으로써 MRD를 진단한다. 암 세포주 혼합 실험을 통한 검증에서는 1:12, 800 미만의 감도를 입증하였다. 더 나아가 본 방법은 폐, 흑색종, 유방, 간을 포함한 다양한 암 유형의 임상 시료에서 MRD를 효과적으로 검출하였다. SNV 정량 방법의 검출한계는 개별 BAM 파일의 오류율에 의해 결정되었으며, 융합 서열 검출 방법은 공백 한계(limit of blank)가 0이어서 검출한계가 관찰되지 않았다. 이 알고리즘은 클라우드 플랫폼에 구현되어, 각 사용자가 데이터를 업로드하여 자신의 데이터를 분석할 수 있다. MRD를 검출하는 이러한 고감도 접근은 암 환자의 예후를 유의미하게 개선할 잠재력을 제공한다. 또한 이 기술은 cfDNA 기반 모니터링이 임상적 이점을 제공할 수 있는 다양한 암 유형 전반에 걸쳐 넓게 적용될 가능성이 크다. 인용 형식: Jun Hyeok Lim, Jeong-Seon Ryu, Ji Won Byun, Jongsuk Chung, Hyun-Tae Shin. Whole genome sequencing-based detection of minimal residual disease using individual-specific features [초록]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2025; Part 1 (Regular Abstracts); 2025 Apr 25-30; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2025;85(8_Suppl_1):Abstract nr 7138.

배경: 건선의 유병률은 인구집단에 따라 다르며, 동아시아인보다 유럽인에서 더 흔한 것으로 보인다. 최근의 전장유전체 연관분석(genome-wide association studies, GWAS)은 건선의 위험을 증가시키는 대립유전자들을 확인하였고, 이러한 대립유전자는 서로 다른 지리적 지역에서 서로 다른 빈도로 나타날 수 있다. 목적: 우리는 인구집단에 따른 질병 빈도의 차이 원인과 유병률 및 양상 차이에 영향을 미치는 요인들에 대한 통찰을 얻고자 하였다. 방법: GWAS catalog에서 건선과 연관된 총 147개의 단일염기다형성(single-nucleotide polymorphisms, SNPs)을 수집하고, 1000 Genomes Project 3단계(public population frequency, n=2,504) 및 Korean Reference Genome Database(n=1,722)를 이용하여 27개 인구집단 간의 대립유전자 빈도 차이를 비교하였다. 또한 인구집단 전반에 걸쳐 합성 유전적 위험 점수(composited genetic risk scores)를 계산하였다. 결과: 인구집단마다 대립유전자 빈도의 뚜렷한 양상이 관찰되었다. 많은 경우에서 동아시아인은 유럽인과 반대되는 대립유전자 빈도를 보였다. 유전적 위험 점수는 동아시아인(평균: 0.471)보다 유럽인(평균: 0.487)과 미국인(평균: 0.492)에서 더 높았다. 건선의 유병률은 해당 인구집단의 평균 유전적 위험 점수와 상관관계를 보였다. 결론: 본 연구에서 분석된 인구집단 간에 건선 관련 SNP의 대립유전자 빈도 차이가 존재함을 관찰하였다. 이러한 결과는 인구집단 간 건선 유병률 차이가 유전자형에 의해 어느 정도 해석될 수 있음을 시사한다.